V srpnu 2018 zveřejnil dopis, v němž obvinil papeže Františka a řadu dalších vysokých kuriálních úředníků a amerických biskupů, že dlouhodobě věděli o obviněních ze sexuálního zneužívání proti kardinálu McCarrickovi a drželi nad ním ochrannou ruku. V případě papeže pak ještě přidal obvinění, že přes znalost obvinění, proti McCarrickovi vznesených, dotyčného zbavil trestů, které měl na McCarricka tajně uvalit Benedikt XVI., a zařadil ho mezi své vlivné poradce. Zároveň papeže vyzval k rezignaci.[2]
V červenci 2023 Viganò založil sdružení Exsurge Domine s cílem poskytovat podporu duchovním, laikům a řeholníkům, kteří byli suspendováni, laicizováni nebo sankcionováni katolickou hierarchií kvůli jejich tradicionalistickým pozicím. V lednu 2024 několik zdrojů uvedlo, že Viganò byl znovu vysvěcen na biskupa exkomunikovaným biskupem Richardem Williamsonem. To by naznačovalo, že Viganò věří, že svátosti udělované prostřednictvím misálu Pavla VI. mají pochybnou platnost, a jako takové je pochybné i jeho vlastní vysvěcení na biskupa.[4]
↑ abKONFERENCE, Česká biskupská. Arcibiskup Viganò byl exkomunikován za schizma - Církev.cz | Zprávy. www.cirkev.cz [online]. [cit. 2024-07-05]. Dostupné online.
↑ Svědectví Carla Maria Viganò, bývalého nuncia ve Washingtonu DC (český překlad dopisu). www.lumendelumine.cz [online]. Lumen de Lumine, 2018-08-22 [cit. 2018-08-31]. Dostupné online.