Botanická zahrada na Soloveckém ostrově byla založena roku 1822 na břehu jezera Nižnij Pert klášterním představeným Makarijem jako tzv. Makarijova poustevna. Makarij zde na vlastní náklady nechal postavit dřevěnou kapli a dvě budovy s celami – jednou pro představeného a jednou pro obyčejné mnichy.
Již od počátku však nesloužila Makarijova poustevna ani tak k rozjímání, jako spíše k pěstování rozličných rostlin. Surové klima Soloveckých ostrovů a vzdálenost od pevniny motivovaly po staletí mnichy k tomu, aby se zde pokoušeli aklimatizovat nové a nové druhy užitkových i dekorativních rostlin. Místo pro to nebylo vybráno náhodou – chráněná před mořskými větry ze tří stran kopci, má tato lokace průměrně o 1,5–2 °C vyšší teplotu než zbytek ostrova. Vedle toho se zde nacházely také vyhřívané skleníky, ve kterých byli mniši schopni vypěstovat okurky, melouny či dokonce broskve. V oranžériích pěstovali také okrasné květiny.
V polovině 19. století přibyl závod na zpracování vosku, přičemž odpadní teplo z výroby se používalo k vyhřívání skleníků. Na památku bombardování kláštera Angličany roku 1854 postavili v témže roce kapli svatého Alexandra Něvského. Mezi lety 1859–1862 vzniknul ještě dvoupatrový dům s balkónem, kterému se začalo říkat dača archimandrity. Pro skladování potravin vzniknul mezi lety 1894–1899 valounový sklep, sloužící jako lednice.
V letech 1923–1939 se zde nacházelo velitelství Soloveckého tábora zvláštního určení. Botanická zahrada byla ovšem jednou z velmi mála institucí, kterou bolševici nezrušili, šlechtitelské a výzkumné práce tak mohly pokračovat. Z let 1933–1935 pochází například modřínová alej okolo hlavní cesty.
Po uzavření tábora zahrada 20 let pustla, až se jí roku 1959 ujala místní škola. Společným úsilím učitelů a žáků se podařilo přivést ji do pořádku. V roce 1974 byla botanická zahrada předána do péče nově zřízeného Soloveckého státního historicko-architektonického a přírodního muzea, proběhlo obnovení a inventarizace.
Za dvě staletí existence botanické zahrady se zde, 150 km od polárního kruhu, podařilo aklimatizovat stovky rostlin. Roste tu přes 30 různých druhů dřevin a okolo 500 dekorativních, léčivých či krmných bylin a keřů. Byly ovšem i neúspěchy, nikdy se zde například nepodařilo aklimatizovat obilniny – během krátkého soloveckého léta jednoduše nestihnou dozrát.