Originalment la prova s'inicià l'any 2002 sota la denominació de Ral·li Hokkaido, dins del Campionat de Ral·lis Àsia-Pacífic. Després de dos edicions amb notable èxit, l'esdeveniment passà a la denominació de Ral·li del Japó i entrà al Campionat Mundial de Ral·lis de cara a l'edició de 2004.
En una primera etapa mundialística, el Ral·li del Japó es disputà sobre terra entre 2004 i 2010, amb l'excepció del 2009 en que no es disputà la prova. Aquest tenia lloc a l'illa d'Hokkaido, discorrent els seus trams a l'entorn de tupits boscos, on la forta humitat i la proximitat als arbres donava poc marge a l'error.[1]
Després d'una dècada sense disputar-se, per l'any 2020 s'anuncià el seu retorn,[2] però fou suspès per la pandèmia de Covid-19, un fet que es repetiria pel 2021. Finalment, el Ral·li del Japó tornà a disputar-se l'any 2022, si bé aquest canvià a superfície d'asfalt, ubicant-se al sud de Nagoya, a les carreteres de montanya de les prefectures de Gifu i Aichi,a l'illa de Honshu.[3]
Pel que fa a victòries, tan sols Mikko Hirvonen i Eflyn Evans han estat capaços de guanyar la prova en més d'una ocasió, en el cas d'Hirvonen els anys 2007 i 2008 amb un Ford Focus WRC i en el cas d'Evans els anys 2023 i 2024 amb un Toyota GR Yaris Rally1.