El 29 de desembre de 1492 va ser nomenat bisbe de Perusa. Va gaudir de la plena confiança del papa Alexandre VI, que va recórrer als seus consells amb motiu de la polèmica que va sorgir amb el cardenal Ascanio Sforza i amb motiu de la campanya de Carles VIII de França a la península itàlica. A canvi va rebre nombrosos beneficis eclesiàstics.
El 15 d'octubre de 1498 va ser ascendit a arquebisbe de Càpua. A partir de l'any següent també va recuperar la diòcesi de Perusa, de la qual va ser administrador apostòlic.
Léonce Celier, Les dataires du xve siècle et les origines de la Datarie Apostolique, Paris, Fontemoing, 1910
Josep Sanchis Sivera, Algunos documentos y cartas privadas que pertenecieron al segundo duque de Gandía, don Juan de Borja (Notas para la historia de Alejandro VI), a Anales del Instituto General y Técnico de Valencia (1919), pàgs. 5-152
Guilelmus van Gulik i Konrad Eubel (eds.), Hierarchia Catholica Medii Aevi sive Summorum Pontificum, S. R. E. Cardinalium, Ecclesiarum Antistitum series, t. II, Monasterii, Libraria Regensbergiana, 1923, pàgs. 23, 55-56, 118, 207 i 214
José María Cruselles Gómez, Familia y promoción social: los Lopiç de Valencia (1448-1493), a Estudis Castellonencs, 3 (1986), pàgs. 355-380
José Goñi Gaztambide, López, Juan, a Diccionario de Historia Eclesiástica de España, suplement I, Madrid, Consell Superior d'Investigacions Científiques, Instituto Enrique Flórez, 1987, pàgs. 439-440
José María Cruselles Gómez, Valencianos en la Universidad de Bolonia. Rentabilización social de los estudios superiores a finales del siglo xv, a Lluís de Santàngel i el seu temps, Valencia, Ajuntament, 1992, págs. 387-400
Miquel Batllori i Munné, La família Borja. Obra completa vol. IV, Tres i Quatre, 1994 (Biblioteca d'estudis i Investigacions 21)
José María Cruselles Gómez, El cardenal de Càpua, a L'Univers dels prohoms. Perfils socials a la València baix-medieval, Valencia, Eliseu Climent, 1995, pàgs. 217-256
.svg){kind=small}