TMEM63A
Identifikatori
Aliasi	TMEM63A
Vanjski ID-jevi	MGI: 2384789 HomoloGene: 101673 GeneCards: TMEM63A
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 1 (čovjek)[1] Bend 1q42.12 Početak 225,845,536 bp[1] Kraj 225,882,380 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 1 (miš)[2] Bend 1|1 H4 Početak 180,769,909 bp[2] Kraj 180,802,677 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • nucleic acid binding • calcium activated cation channel activity Ćelijska komponenta • integral component of membrane • lysosomal membrane • Lizozom • Egzosom • membrana • centar organizacije mikrotubula • ćelijska membrana • specific granule membrane • intracellular membrane-bounded organelle • tertiary granule membrane Biološki proces • ion transport • neutrophil degranulation • GO:0015915 transport • ion transmembrane transport Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	9725	208795
Ensembl	ENSG00000196187	ENSMUSG00000026519
UniProt	O94886	Q91YT8
RefSeq (mRNK)	NM_014698	NM_144794
RefSeq (bjelančevina)	NP_055513	NP_659043
Lokacija (UCSC)	Chr 1: 225.85 – 225.88 Mb	Chr 1: 180.77 – 180.8 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Transmembranski protein 63A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM63A sa hromosoma 1.^[5][6][7] Zreli ljudski protein ima približno 92,1 kilodaltona (kDa), sa relativno visokom konzerviranošću mase u ortolozima.^[8] Protein sadrži 11 transmembranskih domena i umetnut je u lizosomsku membranu.^[9][10] BioGPS analiza za TMEM63A kod ljudi pokazuje da je gen sveprisutno eksprimiran, sa najvišim nivoima ekspresije pronađenim u T-ćelija ma i dendritskim ćelijama.^[11]

Dužina polipeptidnog lanca je 807 aminokiselina, a molekulska težina 92.126 Da.

TMEM63A nalazi se na negativnom lancu DNK hromosoma 1, na lokaciji 1q42.12, obuhvatajući bazne parove od 226,033.237 do 226,070.069.^[7] Aliasi uključuju KIAA0489 i KIAA0472. Proizvod ljudskog gena je 4.469 bp iRNK sa 25 predviđenih egzona.^[12] Postoji devet predviđenih izoformi gena za preradu, od kojih tri kodiraju proteine. Promotorska analiza sprovedena je korištenjem El Dorada ^[13] preko softverske stranice Genomatix. Predviđeni promotorski region obuhvata 971 parova baza, od 226,070.920 do 226,069.950 na negativnom lancu hromosoma 1.

TMEM63A nalazi se u blizini gena EPHX1 na pozitivnom lancu DNK na hromosomu 1, kao i Lefty 1 gena na negativnom smislenom lancu.^[7] Ostali geni u istoj oblasti na hromosomu 1 uključuju SRP9 i Lefty 3 na pozitivnom lancu i MIR6741 i PYCR2 na negativnom lancu.

TMEM63 je sveprisutno eksprimiran u cijelom ljudskom tijelu na različitim nivoima, javlja se sa najvećom relativnom prevalencijom u CD 8+ T ćelije i CD 4+ T ćelijama.^[11][14] Umjereni relativni nivoi ekspresije također se primjećuju u cijelom mozgu, posebno u potiljačnom režnju, tjemenom režnju i gušterači.^[14] Analiza TMEM63A ekspresije kod miša, koristeći BioGPS, otkrila je više varijabilnih obrazaca ekspresije, pri čemu je najveća ekspresija uočena u želucu i debelom crijevu.^[11] Faktor transkripcije, predvidio je program El Dorado iz Genomatix, koji je otkrio da je TMEM63A visoko reguliran E2F regulatorima ćelijskog ciklusa i EGR1, faktorom za koji se vjeruje da je gen supresor tumora sa ekspresijom u mozgu.^[13] Predviđa se da je 3' UTR vezan za regulatorni element miR-9/9ab.^[15]

Zreli oblik ljudskog proteina TMEM63A ima 807 aminokiselinskih ostataka sa izoelektričnom tačkom od 6,925.^[8] Prilično je konzerviran među ortolozima. BLAST-ovo poravnavanje otkrilo je da protein sadrži tri domena: RSN1_TM i dva domena nepoznate funkcije (DUF4463 i DUF221).^[16] Predviđa se da je RSN1_TM uključen u transport Golgijevih vezikula i egzocitozu. DUF4463 je citosolni i daleko homologan sa RNK-vezujućim proteinima. Ovaj domen može se koristiti za određivanje orijentacije proteina u membrani, pri čemu je N-terminal proteina unutar lizosoma, a C-terminal lociran je u citosolu.

Posttranslacijska modifikacija određena je eksperimentalno i pomoću bioinformatičke analize. Postoje dva vjerovatna mjesta glikozilacija na proteinu: N38 i N450.^[17] Predviđena su korišćenjem NetNGlyc programa iz ExPASy i sekvence aminokiselina TMEM63A, kao i pretpostavljene orijentacije proteina u membrani.^[18] Postoje tri vjerovatna mjesta fosforilacije na proteinu: S85, S98 i S735, koja su predviđena pomoću NetPhos programa.^[19]

Protein ima tri izoforme. Zreli protein je označen kao izoforma CRA. Druge dvije izoforme su X1 i X2, koje imaju po 630, odnosno 468 aminokiselinskih ostataka. Izoformi X1 nedostaje N-kraj zrelog proteina, dok izoformi 2 nedostaje C-kraj.^[8]

Koristeći informacije zasnovane na tekstu, smatra se da TMEM63A potencijalno stupa u interakciju sa šest drugih proteina: EEF1D,^[20] FAM163B, CPNE9, TMEM90A, STAC2, HEATR3 i WDR67.^[21]

Funkcija TMEM63A nije poznata, iako je jedno istraživanje otkrilo da se nalazi u regiji koja je vjerovatno regulirana putem mir-200-a, povezana s homeostazom epitela.^[22] Drugi su otkrili da je u kvantitativnom lokusu svojstava, povezan sa haloperidolski izazvanom katalepsijom.^[23]

TMEM63A ima dva paraloga: TMEM63B, koji se nalazi na 6p21.1, i TMEM63C, na C14orf171.^[24] Poravnavanje između njih pokazuje da je TMEM63C bliži TMEM63B nego TMEM63A.^[8] BLAST poravnanje je pokazalo homologiju TMEM63A i TMEM63B sa proteinima koji su udaljeni poput biljaka, dok je TMEM63C bio homologan samo toliko udaljen kao kod drosophila.^[16] Ovo ukazuje da se TMEM63C vjerovatno odvojio od ta dva u ranoj fazi. beskičmenjaks.

TMEM63A ima veliki raspon ortologa, sa homolozima prisutnim u organizmima koji su udaljeni poput biljaka.