Той е кръстен „Франческо“ в чест на френския кралФрансоа I.[1] На 3-годишна възраст губи майка си, която умира при раждането на сестра му Изабела Мария.
Получава военно образование според традицията, която предвижда военна кариера за третородния син.[2] На 18-годишна възраст се мести във Франция без съгласието на семейството си. Баща му Алфонсо не приема импулсивния му жест и го лишава от наследство (променя завещанието, като подчинява Франческо на по-големия му брат Ерколе). Алфонсо умира три дни по-късно, на 28 октомври 1534 г. Франческо се завръща във Ферара и му е простено. Брат му Ерколе наследява баща им Алфонсо като херцог с името „Ерколе II“.
През май 1536 г. Ерколе II изпраща Франческо в Ломбардия като капитан на леката кавалерия, за да помогне на император Карл V. Чрез императора Франческо получава ръката на Мария де Кардона, маркиза на Падула и графиня на Авелино, овдовявала през 1536 г. от братовчед си Артале де Кардона. Всъщност императорът изпраща писмо до благородничката. Франческо няма потомство от нея; вместо това той има две дъщери от неизвестна жена. И двете момичета са узаконенни няколко години след раждането им както от папа Григорий XIII, така и от херцога на Ферара Алфонсо II д’Есте.
През 1547 г. Мария и Франческо получават разрешение да отворят железарски заводи във владенията на Авелино и Кандида. Те също са упълномощени от Карл V да провеждат панаир всяка година в Авелино.
Франческо се бие за императора в Испания и също се мести в Северна Африка, участвайки в кампанията в Алжир (1541). Следват битки срещу Херцога на Клев във Фландрия, Франция, Пиемонт и Тоскана.[1]
През 1544 г.[3] е номиниран за маркиз на Маса Ломбарда от папа Павел III с правото да предава титлата на своите мъжки наследници и да сече монети. Отваря монетен двор в крепостта, който развива интензивна дейност до 1573 г.[4]
Впоследствие е на служба при краля на Франция Анри II, който му дава длъжността на лейтенант, за да защитава замъка Монталчино – последната крепост на Сиенската република.[5]
В края на 1553 г. Франческо, на 47-годишна възраст, е освободен от подчинение на брат си Ерколе.[3] Той се завръща в родния си град и купува дворец, който обогатява с градини и други сгради, най-известният от които е Дворецът на Марфиза д'Есте, построен през 1559 г. и наследен от дъщерята на Франческо, чието име носи.
След 1566 г. Франческо се оттегля от обществения живот. Умира във Ферара на 22 февруари 1578 г. на 62-годишна възраст. Според завещанието му е погребан в църквата „Сан Паоло“ в Маса, в центъра на презвитерия близо до главния олтар. Понеже няма наследници от мъжки пол, територията на Маса Ломбарда се връща във владенията на Дом Есте.[1] През 1889 г. тленните му останки са преместени в общинските гробища, за да бъдат преместени вътре в църквата през 1932 г., на стената на десния неф.[3]
Брадаманте д’Есте (* пр. 1559; † сл. 1597, Модена), ∞ 1575 за граф Ерколе Бевилакуа (* 1554; † 13 декември 1600, Ферара, убит), от когото има седем сина и пет дъщери.