Ото II фон Шайерн (на немски: Otto II von Scheyern или Otto III; † 31 октомври 1120 г.) от фамилията Вителсбахи, е граф на Шайерн, фогт на Фрайзинг и от 1116 г. на Вайенстефан в Бавария.

Той е син на граф comes de Skyrun Ото I фон Шайерн († 1078) и Хазига фон Дисен († 1104).

Ото се жени вероятно за Рихардис, дъщеря на Улрих I († 6 март 1070), маркграф от Истрия-Крайна, и внучка на Попо I († 1044), маркграф в Истрия. Нейната майка е София Унгарска († 1095), дъщеря на унгарския крал Бела I († 1063).^[1]

Ото и Рихардис имат децата:

• Ото III († сл. 15 декември 1130)
• Екехард III († сл. 11 юли 1183)
• Бернхард II (ок. 1135)
• син

• Family tree Архив на оригинала от 2012-05-09 в Wayback Machine. of the Counts of Scheyern-Wittelsbach-Dachau-Valley, from a lecture by Prof. Schmid: Bayern im Spätmittelalter, winter 1996/97

• Otto II at genealogie-mittelalter (give a different date of death)