1. Информацията за мачовете и головете включва само местните първенства и е актуална към 15 юни 2021. 2. Информацията е актуална към 15 юни 2021. * Играе под наем в посочения отбор.
Бадел подписва първия си договор с Динамо (Загреб) през 2007 г., когато е на 17-годишна възраст. За сезон 2007/08 е пратен под наем в Локомотива, където натрупва опит и взима участие в 28 мача, като отбелязва и 7 попадения в хърватстката трета лига.
Динамо (Загреб)
От ранна възраст, Бадел е считан за заместник на Лука Модрич, който е продаден на Тотнъм Хотспър през 2008 г.[1] От 2008/09 Милан става титуляр в Динамо. Дебютира в квалификациите за Шампионската лига срещу ирландския Линфийлд. Първият си гол вкарва на 28 юли 2008 г. в местното първенство срещу НК Риека.[2] През сезон 2009/10 се утвържава като неизменна част от първия отбор. През март 2011 г. вкарва в дербито с Хайдук Сплит, спечелено с 2:0.[3] През сезон 2011/12 допринася за класирането на Динамо в групите на Шампионска лига, за пръв път от 12 години. Динамо е в група с Реал (Мадрид), Олимпик Лион и Аякс.
Хамбургер
През август 2012 г. е закупен от германския тим Хамбургер. Според хърватската преса, сумата по трансфера е около €4.5 млн.[4] Дебютира в бундеслигата срещу Вердер Бремен. Позицията му в Хамбургер е на плеймейкър. През ноември 2012 г. вкарва първото си попадение за тима, срещу Шалке 04.[5]
Фиорентина
На 31 август 2014 г., Бадел е привлечен във Фиорентина срещу €5 млн.[6]