При смъртта на баща му през 1586 г. Йохан Гюнтер II е малолетен и с братята си е под опекунството на графовете Йохан VII (1540 – 1603) и Антон II (1550 – 1619) фон Олденбург. От 1593 г. той управлява заедно с братята си Гюнтер XLII (1570 – 1643), Антон Хайнрих (1571 – 1638) и Йохан Гюнтер II (1577 – 1631).
През 1593 г. по наследслевения договор от 1433 г. им се полага графството Хонщайн, от което получават само малко след дълги конфликти.
В Зондерсхаузен братята построяват северното крило на двореца-резиденция.
Антон Гюнтер I (1620 – 1666), граф на Шварцбург-Зондерсхаузен
Лудвиг Гюнтер II (1621 – 1681), граф на Шварцбург-Зондерсхаузен цу Ебелебен
София Елизабет (1622 – 1677)
Клара Сабина (1623 – 1654)
Литература
Friedrich Apfelstedt: Das Haus Kevernburg-Schwarzburg von seinem Ursprunge bis auf unsere Zeit. 1890, Neuauflage. Thüringer Chronik-Verlag H.E. Müllerott, Arnstadt 1996, ISBN 3-910132-29-4.