В завещание на 20 юли 1652 г. баща му създава от Курфюрство Саксония за неговите трима по-малки сина техни Секундогенитур – княжества. След неговата смърт на 8 октомври 1656 г., на 22 април 1657 г. в Дрезден и още веднъж през 1663 г. братята си поделят чрез договор териториите на Саксония-Мерзебург, Саксония-Вайсенфелс и Саксония-Цайц. Кристиан I получава Саксония-Мерзебург. По-големият му брат Йохан Георг II (1613 – 1680) става херцог на Саксония-Вайсенфелс, а по-малкият му брат Мориц (1619 – 1681) става херцог на Саксония-Цайц.
Кристиан отива със съпругата си Кристиана на 30 септември 1653 г. в Мерзебург. Неговият двор има скоро 150 души. През 1655 г. херцог Кристиан I, чрез херцог Вилхелм IV фон Саксония-Ваймар, е приет в литературното общество Фрухтбрингенде Гезелшафт.
Херцог Кристиан I умира на 75 години на 18 октомври 1691 г. и е погребан в оловен ковчег в княжеската гробница в катедралата на Мерзебург. На трона го наследява най-големият му син Кристиан II.
Херцог Кристиан I създава, както баща му, за тримата му по-малки синове владения като Апанаж. Те са наречени на резиденциите им.
Деца
Кристиан I и Кристиана имат децата:
Магдалена София (1651 – 1675)
Йохан Георг (1652 – 1654), наследствен принц на Саксония-Мерзебург
Кристиан II (1653 – 1694), херцог на Саксония-Мерзебург
Август (1655 – 1715), херцог на Саксония-Мерзебург-Цьорбиг
мъртвороден син (*/† 1 февруари 1656)
Филип (1657 – 1690), херцог на Саксония-Мерзебург-Лаухщет