На 10-годишна възраст, на 22 октомври 1626 г., той е записан в университета в Дилинген. От 1635 г. той следва в университета в Инголщат.
Духовна кариера
През 1630 г. той става каноник в Аугсбург и през октомври 1629 г. каноник на княжеското пропство Елванген. През 1642 г. е помазан за свещеник в епископството Аугсбург.
Той е имперски рицар и от 1644 г. имперски фрайхер. От 1641 до 1655 г. е схоластер на княжеското пропство Елванген и след това катедрален декан в Аугсбург, от 1660 г. катедрален пропс. За фамилията си той купува имперското господство Юстинген (днес в Шелклинген).
От 11 май 1660 г. до резигнацията му на 13 април 1674 г. той е княз-пропст на Елванген. Йохан Кристоф преобразува от 1661 до 1662 г. манастирската църква в ранен бароков стил.
От 1661 г. той е администратор, от 18 август 1665 г. до смъртта му през 1690 г, княз-епископ на Аугсбург; помазан е за епископ на 17 април 1667 г. от Каспар Цайлер, вайепископ в Аугсбург. Той въвежда реформи, престроява църкви.
Неговият гроб се намира в капелата Волфганг на катедралата в Аугсбург, която при него е модернизирана в барок.
Walter Ansbacher: Das Bistum Augsburg in barockem Aufbruch. Kirchliche Erneuerung unter Fürstbischof Johann Christoph von Freyberg (1665 – 1690). Sankt Ulrich, Augsburg 2001, zugleich: Dissertation unter dem Titel: Johann Christoph von Freyberg (1665 – 1690), Reichsfürst und Reformbischof in tridentinischem Geist. Universität Augsburg, 1999.
Walter Ansbacher: Johann Christoph von Freyberg 1616 – 1690. Fürstbischof von Augsburg (1665 – 1690). In: Lebensbilder aus dem Bayerischen Schwaben. Bd. 16. Anton H. Konrad, Weißenhorn 2004.
Hans-Michael Körner, Bruno Jahn (Mitarb.): Große Bayerische Biographische Enzyklopädie. Bd. 1. Saur, München 2005, S. 565.
↑Manfred Weitlauff: Bistum Augsburg. In: Erwin Gatz: Die Bistümer des Heiligen Römischen Reiches von ihren Anfängen bis zur Säkularisation. Herder, Freiburg 2003, ISBN 978-3-451-28075-7, S. 55 – 69.