От 1375 до 1392 г. Йохан управлява Херцогство Бавария заедно с неговите братя Стефан III и Фридрих, и до 1378 г. с неговия на същата възраст чичо Ото V. От 1379 г. Йохан и брат му Стефан III получават годишно по 4000 гулдена обезщетение от брат им Фридрих.
След караници между братята, херцогството се разделя на 19 ноември 1392 г. Йохан получава Бавария-Мюнхен, Стефан III получава Бавария-Инголщат, a Фридрих – Бавария-Ландсхут. По това време в Бавария съществува и четвърто херцогство, Бавария-Щраубинг. Скоро след това Йохан се скарва с брат си Стефан III. След битки Йохан управлява от 1395 до 1397 г. заедно със Стефан. Едва синовете на Йохан Ернст и Вилхелм III успяват да се отделят от Стефан III и управляват сами Бавария-Мюнхен.
През 1447 г. Бавария-Инголщат и Бавария-Ландсхут се обединяват. През 1505 г. Бавария-Ландсхут попада към Бавария-Мюнхен.
Йохан II умира на 56-годишна възраст. Погребан е в църквата Фрауенкирхе в Мюнхен.
Helga Czerny, Der Tod der bayerischen Herzöge im Spätmittelalter und in der frühen Neuzeit 1347 – 1579. Vorbereitungen – Sterben – Trauerfeierlichkeiten – Grablegen – Memoria. C. H. Beck, München 2005, ISBN 3-406-10742-7, S. 188 – 189
Klaus von Andrian-Werburg, Urkundenwesen, Kanzlei, Rat und Regierungssystem der Herzoge Johann II., Ernst und Wilhelm III. von Bayern-München (1392 – 1438). Lassleben, Kallmünz 1971, ISBN 3-7847-4410-9
Theodor Straub, Bayern im Zeichen der Teilungen und Teilherzogtümer. In: Max Spindler, Andreas Kraus (Hrsg.): Handbuch der Bayerischen Geschichte. 2. Auflage. Band 2, C. H. Beck, München 1988, ISBN 3-406-32320-0, S. 248 – 249.