Джанфранческо се жени на 17 юли 1479 г. за Антония дел Балцо (1461 – 16 януари 1538), дъщеря на Пиро дел Балцо, херцог на Андрия и княз на Алтамура, и на Мария Доната дел Балцо Орсини. Нейната зестра са 8000 дуката. Нейната сестра Изабела е съпруга на крал Федерико I от Неапол.
Деца
Джанфранческо и Антония дел Балцо имат десет деца, от които:
Лудовико Гондзага (1480 – 1540), граф на Сабионета, 1497 женен за Франческа Фиески († 1528)