Когато баща му умира през 1393 г., той е на седем години. Хайнрих наследява баща си като херцог и е под регентство на горно-баварските херцози Стефан III и Йохан II и след смъртта на Йохан през 1397 г. на неговите синове Ернст и Вилхелм III. През 1401 г. крал Рупрехт дава официално на вече пълнолетния Хайнрих Бавария-Ландсхут. Младият херцог управлява почти самостоятелно, остава обаче до 1404 г. номинално под надзора на Ернст и Вилхелм. На 24 август 1404 г. умира и майка му Мадалена.
През 1408 г. Хайнрих има конфликти с град Ландсхут, заради издадената от него Конституция. Той поръчва общинските съветници при себе си, заповядва да ги арестуват, да им вземат собствеността и да ги изгонят. През 1410 г. избухва въстание в града, което той открива навреме чрез предателство. Той заповядва екзекуцията, ослепяването и изгонването на членовете на петдесет ландхутски фамилии и им конфискува имотите. Едновременно с това той започва и доизграждането на своята резиденция в Ландсхут.
Херцог Хайнрих XVI
Хайнрих има конфликти с братовчед му Лудвиг VII от Бавария-Инголщат и се съюзява с враговете му. Лудвиг заявява, че Хайнрих произлиза от един готвач, с когото майка му имала връзка. Хайнрих си отмъщава на 17 април 1414 г. чрез нападение, когато Лудвиг е на път за Констанцкия събор. От 1420 до 1422 г. между двамата има война, Баварската война, иначе двамата се съдят във Фемическия съд. Синът на Лудвиг VII, Лудвиг VIII „Гърбавия“, се присъединява към Хайнрих и така става херцог на Бавария-Инголщат, но умира след две години на 13 април 1445 г. на 41 години, две години преди баща му. Хайнрих плаща на маркграф Албрехт Ахилес, който пленява Лудвиг VII на 13 август 1446 г. и го държи затворен в Бургхаузен до неговата смърт на 1 май 1447 г.
По времето на неговото управление той увеличава митата и въвежда през 1433 г. своя собствена ландсхутска монета. Той пази евреите като финансиращи икономиката и допринася така за създаване на активна еврейска община в Ландсхут. Два пъти, 1410/1411 и 1422/1423 г., той прави пътуване до Прусия.
Хайнрих XVI умира през 1450 г. вероятно от чума. Погребан е в манастир Зелигентал Ландсхут. Негов последник става неговият единствен жив син Лудвиг IX (упр. 1450 – 1479).
Семейство и деца
Херцог Хайнрих XVI се жени на 25 ноември 1412 г. в Ландсхут за Маргарете Австрийска (* 1395, † 24 декември 1447), дъщеря на херцог Албрехт IV от Австрия и неговата съпруга Йохана София Баварска, от Вителсбахската линия Щраубинг-Холандия. Двамата имат шест деца, от които три оживяват до зряла възраст:
Theodor Straub, Bayern im Zeichen der Teilungen und Teilherzogtümer. Handbuch der bayerischen Geschichte, Band 2. C. H. Beck, München, 1988, S. 196 – 287, S. 226, ISBN 3-406-32320-0
Werner Paravicini. Die Preußenreisen des europäischen Adels. Т. 17/1. Sigmaringen, Thorbecke, 1989. ISBN 3-7995-7317-8. с. 150.
