През 1899 е сформиран Лион Олимпик Юниверситер (Lyon Olympique Universitaire), спортен клуб, участващ в множество спортни дисциплини. Разногласия през 1950 между футболното и ръгби отделение на „Лион Олимпик Юниверситер“ довеждат до отделянето на футболната секция и създаването на футболен клуб Олимпик Лион. Още като отделение на „Лион Олимпик Юниверситер“ отборът има успехи, като през 1910 г. печелят френския шампионат и два пъти Лига 2 – през 1951 и 1954. Прекарват известен период в лутане между Лига 1 и Лига 2. През 60-те и 70-те печелят три пъти Купата на Франция – през `64, `67 и `73, както и Суперкупата на Франция през 1973 г.
Жан-Мишел Ола поема контрол над клуба през 1987. Ола инвестира в отбора с цел да превърне Лион във фактор в Лига 1 и на европейската сцена, за срок от не повече от петнадесет години. През 1989, с треньор Раймон Доменек, Лион печели Лига 2 за трети път. През следващия сезон завършват осми, далеч от изпадане обратно в Лига 2. В третия сезон на Доменек достига 5-о място, с което си осигуряват място в Купата на УЕФА.
Доменек решава да напусне след сезон 1992/93. Олас назначава бившия френски национал Жан Тигана за треньор. Той превръща Лион в постоянен претендент за титлата в Лига 1 с помощта на играчи като Абеди Пеле, Мануел Аморос и Ален Кавелиа. След сериозен медиен натиск, Тигана напуска през 1995 година. Лион е поет от Ги Стефан, а след това от известния бивш играч на Лион Бернар Лакомб, като най-големият му успех са третите места през 1999 и 2000 г.
Успех след успех
В началото на XXI век Лион доминира в Лига 1. След като завършват втори през 2001, печелят последователно седем пъти Лига 1. В Шампионската лига достигат до полуфинал.
През 2000 г. Жак Сантини е назначен за треньор на „Хлапетата“, като той полага основите на успеха на Лион във Франция. Въпреки успехите той не успява да спечели доверието на феновете и през 2002 напуска. За мениджър е назаначен Пол Льо Гуен, който извежда отбора до три последователни титли в шампионата. За всеобаща изненада той подава оставка през 2005. За негов заместник е избран Жерар Улие. Той продължава успешната домашна серия, на не постига желания международен успех и е заменен през 2007 от Ален Перин. Под негово ръководство Лион печели първия си дубъл – Лига 1 и Купата на Франция.
Поддръжници и съперничества
Феновете на Лион (Bad Gones, „gones“ бивайки местна дума за „хлапе“) имат репутация в Лига 1 и Европа.
От 2007 година започва строителството на новия стадион на клуба с 59 186 места. Стадионът е открит на 9 януари 2016 година с домакинския мач срещу отбора на „Троа“. На мача присъстват 55 169 зрители и той завършва с резултат 4:0 за домакините.[3][4]
