Маргарета Анна фон Йотинген-Балдерн (на немски: Margaretha Anna; * ок. 1618; † 19 юни 1684, Прага) е графиня от Йотинген-Балдерн и чрез женитба графиня на Тун-Хоенщайн в Тирол.

Тя е дъщеря на граф Ернст I фон Йотинген-Балдерн (1584 – 1626) и съпругата му графиня Катарина фон Хелфенщайн-Визенщайг (1589 – 1638), дъщеря на граф Рудолф II фон Хелфенщайн-Визенщайг (1560 – 1601) и Анна Мария фон Щауфен († 1600).^[1] По-малката ѝ сестра Мария Магдалена (1619 – 1688) се омъжва през 1650 г. във Виена за маркграф Вилхелм фон Баден-Баден (1593 – 1677).

Маргарета Анна се омъжва на 6 юли 1637 г. в Прага за граф Йохан Зигизмунд фон Тун и Хоенщайн (* 20 септември 1594; † 29 юни 1646), син на Йохан Киприан фон Тун-Хоенщайн (1569 – 1630), станал 1629 г. имперски граф фон Хоенщайн, и Анна Мария фон Прайзинг. Тя е третата му съпруга. Те имат децата:^[2][3]

• Парис Доминикус († 24 октомври 1697)
• Рудолф Йозеф фон Тун-Хоенщайн († 20 май 1702), епископ на Зекау
• Йохана Катарина (* 5 септември 1635; † 23 август 1688), монахиня кармелитка
• Максимилиан фон Тун-Хоенщайн (* 19 август 1638; † 7 август 1701), носител на ордена на Златното руно, женен I. за графиня Мария Франциска Емеренция фон Лодрон († 12 май 1679), II. на 11 август 1680 г. за графиня Мария Максимилиана фон Лихтенщайн (* 14 август 1659; † 17 юли 1687), III. пр. 1694 г. за графиня Мария Аделхайд фон Прайзинг; той основава Бохемската линия
• Франц Зигмунд (* 1 септември 1639; † 3 май 1702), гранд-приор на Малтийския орден, посланик в Лондон и Варшава, фелдмаршал 1700 г.
• Ромедиус Константин (* 2 март 1641; † 30 април 1700), женен 1669 г. за графиня Франциска Барбара фон Салм-Нойбург (* 1655; † 20 февруари 1707)
• Йохан Ернст фон Тун-Хоенщайн (* 3 юли 1643, Прага; † 20 април 1709), епископ на Зекау (1679 – 1687), княжески архиепископ на Залцбург (1687 – 1709)
• Йозеф (* 1644; † 1697), монах капуцинец
• 5 деца († млади)

• Volker von Volckamer: Oettingen, Grafen und Fürsten zu. In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 19, Duncker & Humblot, Berlin 1999, ISBN 3-428-00200-8, S. 472 – 474.
• Johann Gottfried Hoche. Vollständige Geschichte der Grafschaft Hohenstein, der Herrschaften Lohra und Klettenberg, Heeringen, Kelbra, Scharzfeld, Lutterberg, der beiden Stifter Ilfeld und Walkenried: nebst einer statistischen Beschreibung des Preußischen Antheils an dieser Grafschaft. Ein Anhang zur Brandenburgischen, Braunschweigischen, Stollbergischen, Schwarzburgischen und Witgensteinischen Geschichte. Francke und Bispink, 1790.
• Almanach de Gotha, Thun und Hohenstein. Justus Perthes, 1944, p. 539.
• Europaische Stammtafeln, by Wilhelm Karl, Prinz zu Isenburg, Vol. XVI, Tafel 108.