Той е син на граф Йохан Киприан фон Тун и Хоенщайн (1569 – 1630), станал 1629 г. имперски граф фон Хоенщайн, и съпругата му Анна Мария фон Прайзинг.
Йохан наследява замъка и имението Кластерец от баща си. По времето на Йохан, по време на Тридесетгодишната война, замъкът с неговия квартал е изгорен и ограбен през 1639 и 1646 г. от шведската армия.
Той умира на 51 години на 29 юни 1646 г. в Дечин в Чехия.
Фамилия
Първи брак: през 1612 г. с графиня Барбара фон Тун-Калдес († 1618). Те имат четири деца:[1]
Юдит Анна фон Тун и Хоенщайн (* 30 юли 1614; † 16 септември 1669), монахиня и приорес в Залцбург
Кристоф Симон фон Тун и Хоенщайн (* 1615; † 1643, в битка), женен за графиня Анна Барбара фон Траутмансдорф
Втори брак: на 21 февруари 1628 г. с Анна Маргарета фон Волкенщайн-Тростбург († 7 септември 1635, Прага, Бохемия), дъщеря на граф Маркус Освалд фон Волкенщайн (1592 – 1636) и Анна Мария фон Куен-Белази. Те имат двама сина:[2]
Михаел Освалд фон Тун и Хоенщайн (* 13 октомври 1631; † 31 януари 1694, Прага, Бохемия), щатхалтер на Бохемия, женен I. на 14 септември 1654 г. в Залцбург за графиня Елизабет фон Лодрон († 1688), II. за графиня Анна Цецилия фон Таннхаузен (* 14 март 1674; † 15 февруари 1721); има от I. брак две дъщери.
Дон Максимилиан фон Тун-Хоенщайн (* 19 август 1638; † 7 август 1701), носител на ордена на Златното руно, женен I. за графиня Мария Франциска Емеренция фон Лодрон († 12 май 1679), II. на 11 август 1680 г. за графиня Мария Максимилиана фон Лихтенщайн (* 14 август 1659; † 17 юли 1687), III. пр. 1694 г. за графиня Мария Аделхайд фон Прайзинг; той основава Бохемската линия; има общо седем деца
