Град Клайпеда е основан от тевтонците през 1252 под името Мемел на мястото на селище на курландците. През 1254 градът получава любекско право и през следващите десетилетия тевтонците християнизират населението в областта. Според договора от 1422, установил границите между Прусия и Литва, Мемел остава в рамките на Прусия. Това положение се запазва до 1919, като през това време Мемел е най-източната точка на германските земи.
През 1525 Мемел, част от владенията на Албрехт Пруски, приема лутеранството. През следващото столетие градът преживява разцвет като част от херцогство Прусия, васално на Полша, а по-късно на Жечпосполита. Градът служи за пристанище на съседна Литва, печелейки от положението си близо до устието на река Неман. Краят на този период идва по време на Тридесетгодишната война, когато градът е завладян от Швеция. Впоследствие немската му принадлежност е възстановена.
С Версайския договор от 1919 Мемел и съседните земи са поставени под протектората на държавите от Антантата. Територията е наречена Мемелланд, отделена е от Германия и е създадено автономно правителство под френска окупация. През 1923 литовски войски, командвани от полковник Будрис изтласкват французите от областта. Градът има предимно германско население, което не подкрепя включването на града в Литва и на 22 март1939 Литва е принудена да отстъпи града на Германия, вече окупирала по това време Австрия и Чехия.
По време на германското отстъпление през Втората световна война голяма част от населението напуска града. Той е превзет от съветските войски през януари 1945 и отново е включен в състава на Литва. През 1947 Мемел е преименуван на Клайпеда.
