Йохан Албрехт II е приет в литературното общество Fruchtbringende Gesellschaft. Той управлява в Шверин от 16 април 1608 г., под опекунството на херцог Карл I († 22 юли 1610), заедно с брат си Адолф Фридрих I, и последва своя опекун на 9 юли 1611 г. През 1617 г. той става протестант.
Двамата братя поддържат тайно датската войска на крал Кристиан IV и затова Йохан Церклас Тили ги смята след 1626 г. за врагове. На 19 януари 1628 г. император Фердинанд II в Бохемия издава документ, с който взема властта на херцозите и поставя Валенщайн на тяхното място. През май 1628 г. те напускат страната и след свалянето на Валенщайн се връщат през май 1631 г. с помощта на шведска войска.
Йохан Албрехт умира малко преди да навърши 46 години и е погребан в катедралата на Гюстров.