През 1489 г. Изабела се омъжва за своя първи братовчед, херцогът на Милано, Джан Галеацо Мария Сфорца (1469 – 1494).
След смъртта на брат ѝ Фердинанд II, Изабела наследява титлите херцогиня на Бари, принцеса на Росано и кралица на Йерусалим.
Съществува теория, според която Изабела Арагонска е моделът, който Леонардо да Винчи е използвал при рисуването на Мона Лиза. Има предположение, че Изабела е имала морганатичен брак с Леонардо да Винчи, който единадесет години е бил дворцов художник на Милано, и му е родила двама сина и три дъщери[2].
Майке Фогт-Люерсен[3] твърди, че жената зад загадъчната усмивка на Мона Лиза е Изабела Арагонска, херцогинята на Милано. Според Маике стилът на тъмнозелената рокля на Мона Лиза загатва, че жената е член на династията Сфорца. Нейната теория е, че Мона Лиза е първият официален портрет на новата херцогиня на Милано, което доказва, че той е рисуван през пролетта или лятото на 1489, а не през 1503 г. Въпреки различните теории последните открития на Хайделбергската академия потвърждават традиционната идентификация на Мона Лиза с Лиза дела Джоконда.[4]
Съществува друг портрет на млада жена със светли коси (в галерията Дориа Памфили, Рим), дело на Рафаело, който притежава по-голяма прилика с Изабела Арагонска. Стилът на роклята ѝ е отнесен между 1515 и 1525 г., а жената показва символите на миланския клон на рода Сфорца – панделката, белия и червения цвят. По това време обаче Изабела е била на около 45 – 55 години и е имала тъмна коса.