Първият владетел на Епир, удостоен с титул деспот през 1249 г., е Михаил II Комнин. Титлата му е призната от никейския император Йоан III Дука Ватаци за ойкуменето на Епир и Тесалия. Във византийската йерархия титулът деспот не подразбира задължително сам по себе си определена териториална юрисдикция.
Михаил I Комнин Дука (Ангел) (1205 – 1215) завоюва през 1206 г. остров Корфу. Той отблъсква няколко нападения на норманите. От 1215 г. негов наследник е Теодор Комнин (1215 – 1230). През 1215 г. той покорява голяма част от Македония и между 1218 и 1224 г. провежда успешни походи срещу българите и латините. Теодор Комнин отвоюва в 1224 г. Солун, а по-късно се самопровъзгласява за василевс (император), титла непризната от ромеите в Никейската империя. Към 1228 г. сключва с царИван Асен II договор, скрепен с династически брак между Мария (дъщеря на българския цар от първия му брак) и деспот Мануил, брат на солунския василевс. Теодор Комнин нарушава договора и на 9 март 1230 г. край село Клокотница е разбит, като самият той попада заедно със семейството си в български плен. Епирската държава се разпада на три независими части (Солун, Епир и Тесалия), преставайки да играе важна геополитическа роля. През 1242 г. никейският император Йоан Ватаци заставя Йоан Ангел, сина на Теодор Комнин, да се откаже от императорската/василевска титла и да се признае за васал на Никея. През 1254 г. той заставя със сила и деспота на Епир, Михаил II Комнин, да стане васал на Никея, като самият той остава последният независим епирски владетел.
Коварният и честолюбив Михаил II сключва съюз с краля на Сицилианското кралствоМанфред (женен за Елена Дукина, дъщеря на Михаил II) и със Сърбия, но Михаил VIII Палеолог (1261 – 1281) му нанася поражение в долината на Битоля (Пелагонийска битка) в Македония (1259). Никейската империя се налага над Епирското деспотство, а на 25 юли 1261 г. никейците превземат от латинците и Константинопол. На 15 август 1261 г. Михаил Палеолог е тържествено коронясан за император в „Св. София“ в Константинопол.
През 1262 г. латини, венецианци и епирци воюват с Византия, а през 1273 г. епирците на Йоан I Дука, деспот на Солун (1271 – 1289), с поддръжката на латинците, разбиват ромейските войски, които обсаждат Неопатрас. През 1277 г. епирците побеждават ромеите в сражението при Фарсала. В Епир династията на Ангелите управлява до 1318 г.
През XIV век Епир попада под властта на Сръбското царство, след това е за кратко независимо Тесалийско-епирско царство на душановия полубрат Симеон Синиша , а от края на века – под османска власт. Преди територията на деспотството да бъде завоювана от скопските санджакбейове през XV век, от остатъците на деспотството се образуват редица самостоятелни владения, които често воюват помежду си.
Етнически състав
Етническият състав на Епирското деспотство е пъстър: гърци, българи, италианци. Преди да попадне под османска власт обособилата се като самостойна Тесалия, с части от Епир, е владение на семейство Филантропини.