Историята на Атлетико Насионал може да бъде проследена до 1935 г. Тогава в меделинския квартал Буенос Айрес група младежи създава аматьорския футболен отбор ФК Унион. След като става шампион на втора дивизия на аматьорското първенство на Антиокия през 1942 г., ФК Унион се обединява с Индулана в Унион Индулана с идеята да бъде по-конкурентоспособен в първа дивизия, като този съюз трае три години. През 1947 г. бившият президент на аматьорската лига Алберто Вийегас Лопера създава дружество с ограничена отговорност с цел популяризиране и развитие на футбола и баскетбола на професионално ниво. В рамките на този проект Хулио Ортис, Хорхе Осорио Кадавид, Хорхе Гомес, Артуро Торес, Гилберто Молина, Алберто Ейстмън, Раул Сапата Лотеро и Алберто Вийегас Лопера създават Клуб Атлетико Мунисипал де Меделин.[2] Въпреки че взима цветовете и по-голямата част от играчите на Унион, Атлетико Мунисипал не наследява неговата история.[3]
По време на златната ера в колумбийския футбол, когато отборите примамват едни от най-добрите южноамерикански и европейски играчи със заплати, непосилни и за най-реномираните отбори в света, Атлетико Мунисипал избира политика да залага само на футболисти с колумбийска националност и затова през 1950 г. променя името си на Атлетико Насионал.[3] Тази политика обаче не позволява на отбора да има шанс да се мери с останалите в шампионата и през 1953 г. Атлетико Насионал подписва с първия чужденец в историята си - аржентинеца Атилио Миоти. Година по-късно в отбора вече играят още трима аржентинци и уругваец, а треньор е Фернандо Патерностер, който като футболист през 1930 г. печели бронзов медал на Световното първенство в Уругвай. Първият голям любимец на публиката е колумбиецът Умберто „Турон“ Алварес. С тези играчи Атлетико Насионал печели първата титла в историята си.
През 60-те години на 20 век отборът изпитва финансови затруднения и втората титла на отбора идва почти 20 години след първата - през 1973 г., последвана от нови през 1976 и 1981 г. Следват нови десет години суша на местно ниво преди петата титла през 1991 г., но междувременно Атлетико Насионал извоюва най-престижната си купа - през 1989 г. побеждава парагвайския Клуб Олимпия на финала за Копа Либертадорес, превръщайки се в първия и единствен до 1999 г. колумбийски отбор с титла от южноамерикански международен турнир. Любопитен факт е, че тези два успеха са постигнати с отбор, съставен само от колумбийци, каквато е бива вече споменатата политика на клуба в първите години след основаването му. По това време играчи на Атлетико Насионал съставляват гръбнака на националния отбор, като девет от тях и двама бивши, водени от треньора на Атлетико Франсиско Матурана, са в състава на Колумбия на Световното първенство в Италия през 1990 г., където достигат осминафинал.
Въпреки че Атлетико Насионал е разтърсен от шока, който предизвиква разстрелът на Андрес Ескобар – футболистът, заради чиито автогол соченият за скрит фаворит Колумбия отпада още в груповата фаза на Световното първенство в САЩ,[4] през 1994 г. отборът успява да спечели шеста шампионска титла. Атлетико Насионал отново е съставен единствено от колумбийски футболисти. До 2000 г. тимът е добавил към колекцията си още една шампионска титла и четири купи от южноамерикански турнири, но това е и краят на успехите на межденародна сцена. За сметка на това в Колумбия Атлетико Насионал се представя на ниво, с нови седем титли се превръща в най-успешния отбор от смяната на формата на Категория Примера А през 2002 г., когато за първи път за шампиони са определени тимовете, завършили на първо място в двете полусезонни фази Апертура и Финалисасион.
Цветове и прякори
Цветовете на отбора са бяло и зелено. Това са и цветовете на Меделин и департамент Антиокия. Заради тях едни от прякорите на отбора са Зелените, Зеленобелите и Вечнозелените. Най-често срещаният прякор на Атлетико Насионал е Калдаръмчетата, заради цветето калдъръмче, ендемично за регион Паиса, обхващащ северозападната част на Колумбия, където се намира и Антиокия. Калдъръмчето цъфти в разнообразни нюанси на червено, оранжево, жълто, цикламено и бяло, като бялото е най-често срещането в околността на Антиокия. Друг от прякорите на отбора – Краля на купите – е измислен
Дербита
Основният съперник на Атлетико Насионал е Индепендиенте Меделин, с когото делят един и същи стадион. Известно е като Ел Класико Паиса и е едно от най-ожесточените дербита в Южна Америка, както на, така и извън терена. Атлетико Насионал има превес в изигрните до 13 септември 2014 г. срещи - 120 победи срещу 85 загуби и 93 ремита в общо 298 срещи. Дербито срещу Мийонариос се базира на факта, че това са двата отбора с най-много титли в Колумбия. Съществува и дерби с Америка де Кали, тъй като двата тима често са се срещали в решаващи за изхода на първенството мачове.