Медыйныя арганізацыі абвінавацілі як УСС, так і САП у пагрозах, нападах і нават забойствах некалькіх журналістаў падчас канфлікту. Суданскі сіндыкат журналістаў толькі за другую палову мая задакументаваў больш за 40 такіх выпадкаў[1].
Абодва бакі заўважаны ў нападах на медыцынскія ўстановы і медперсанал, пра што сведчыць BBC News Arabic. Па шпіталях неаднаразова наносіліся паветраныя і артылерыйскія ўдары[2]. Гэтыя напады сур’ёзна паўплывалі на стан сістэмы аховы здароўя краіны[3], паставіўшы пад пагрозу дзейнасць бальніц[4]. Было задакументавана больш за 46 пацверджаных нападаў на медыцынскіх работнікаў і ўстановы. 19 верасня СААЗ заявіла, што ад 70 да 80% бальніц у краіне, пацярпелых ад канфлікту, не працуюць[5][6]. Арганізацыя асудзіла атакі на медустановы як відавочнае парушэнне міжнароднага гуманітарнага права[2].
У Дарфуры, краі на захадзе Судана, зафіксаваны шматлікія выпадкі масавых забойстваў. Урад Вялікабрытаніі[7], відавочцы і назіральнікі ахарактарызавалі гвалт у рэгіёне як этнічную чыстку ці нават генацыд. Галоўнымі ахвярамі забойстваў сталі неарабскія народы, напрыклад масаліты[8][9]. Са жніўня нарастае колькасць доказаў таго, што Сілы аператыўнай падтрымкі праводзяць у Дарфуры этнічную чыстку. Вярхоўны камісар ААН Філіпа Грандзі выпусціў папярэджанне аб патэнцыйным перарастанні гвалту ў поўнамаштабны генацыд[10].
Падчас канфлікту вялікая колькасць жанчын сталі ахвярамі згвалтавання. Некаторыя трапілі ў сексуальнае рабства[11]. Ахвярамі сталі як суданкі, так і замежніцы[12]. Асабліва часта пад сексуальны гвалт траплялі масаліткі і іншыя неарабкі[13]. Сярод асноўных злачынцаў названы арабскія апалчэнцы, саюзныя САП. Эксперты ААН сцвярджалі, што згвалтаванне выкарыстоўваецца як «інструмент пакарання»[14]. Арганізацыя выказала глыбокую заклапочанасць у сувязі з шырока распаўсюджаным сексуальным гвалтам падчас канфлікту[15]. У ліпені офіс ААН па правах чалавека ў Судане раскрыў інфармацыю аб 21 выпадку сексуальнага гвалту з удзелам як мінімум 57 жанчын і дзяўчат[16]. Улады краіны паведамілі па меншай меры аб 88 выпадках, у большасці з якіх вінавацяць байцоў генерала САП Дагала[17]. І ААН, і суданскія праваабарончыя арганізацыі заяўлялі, што гэтыя лічбы ўяўляюць сабой толькі невялікую частку рэальнага маштабу правапарушэнняў[16].
Паведамлялася, што САП і арабскія апалчэнцы таксама здзяйснялі рабаванні[18]. На працягу красавіка паўстанцы разрабавалі некаторыя жылыя раёны ў Хартуме[19]. Мірныя жыхары краіны выказалі заклапочанасць з нагоды масавых крадзяжоў і рабаванняў[20][21]. Сітуацыя дапаўнялася поўнай адсутнасцю прысутнасці паліцыі і праваахоўных органаў[22][23].
Суданская пракуратура зафіксавала больш за 500 выпадкаў знікнення людзей без вестак па ўсёй краіне з пачатку баёў[24]. Як заўлялася, войскі Дагала і іх саюзнікі наўмысна забівалі асобных юрыстаў, назіральнікаў за правамі чалавека, лекараў, правадыроў неарабскіх плямёнаў[25][26], чыноўнікаў[27], копскіх святароў[28].
Паступала шмат паведамленняў аб вярбоўцы дзяцей ва ўзброеныя групы[29]. Назіральнікі абвінавацілі войскі Дагала ў наборы ў свае атрады непаўналетнік ва ўзросце 14 гадоў. Некаторых з дзяцей-салдат бачылі на перадавой у Хартуме[30].