Жуан з’яўляецца выхаванцам юнацкіх каманд футбольных клубаў «Дамунгуш Савію» і «Бенфіка». У дарослым футболе дэбютаваў у 2003 годзе за асноўную каманду «Бенфікі», у якой правёў тры сезоны, прыняўшы ўдзел у 58 матчах чэмпіянату. У складзе «Бенфікі» заваяваў тытул чэмпіёна Партугаліі.
«Жыл Вісенты»
У 2006 годзе далучыўся на ўмовах арэнды да клуба «Жыл Вісенты», у тым жа годзе гэты клуб выкупіў трансфер іграка.
«Брага»
Зрэшты ўжо ў 2007 годзе абаронца перайшоў у іншы партугальскі клуб, «Брагу», у складзе якога правёў наступныя два гады сваёй кар’еры. Большасць часу, праведзенага ў складзе «Брагі», быў асноўным іграком абароны каманды.
«Спортынг»
У склад «Спортынга» трапіў 22 снежня 2009 года за 3 млн еўра[3]. Перэйра рэгулярна з’яўляўся ў складзе клуба і гуляў, у асноўным, на пазіцыі абаронцы ці паўабаронцы.
«Валенсія»
24 мая 2012 года Перэйра падпісаў кантракт з «Валенсіяй» за 3,6 млн еўра[4]. Пагадненне было складзена на тры гады з магчымасцю падаўжэння яго яшчэ на год.
Апошнія гады
У студзені 2015 года падпісаў кантракт з нямецкім клубам «Гановер 96» да канца сезона. 13 ліпеня 2015 года вярнуўся ў склад «Спортынга».
У студзені 2017 года стаў іграком «Трабзанспора»[5]. Разам з клубам у 2020 годзе выйграў Кубак Турцыі. Пакінуў «Трабзанспор» у якасці свабоднага агента ў студзені 2021 года.
У лютым 2021 года зноў далучыўся да «Спортынга». Гуляў у клубе да канца сезона 2020/21, пасля чаго завяршыў кар’еру і перайшоў на трэнерскую працу ў структуры клуба.