У 1555 годзе частка індзейцаў усходу Бразіліі паўстала супраць партугальцаў і перайшла на бок французскіх каланістаў-гугенотаў. Жазэ ды Аншыета ўдзельнічаў у ваенных дзеяннях супраць французаў, вёў перамовы з індзейскімі правадырамі, каля 3 месяцаў заставаўся сярод іх як пасол. Склаў план каланізацыі Бразіліі, які прадугледжваў вылучэнне часткі зямель для індзейскіх місіянерскіх вёсак. У 1574 годзе план ухвалены каралём.
Пасля заканчэння вайны ў 1570 годзе Жазэ выкладаў у езуіцкім калегіуме ў Рыа-дэ-Жанэйра. У 1577—1591 гадах узначальваў езуіцкую місію ў Рэрытыбе, дзе працягваў вывучэнне індзейскай культуры і прыроды Бразіліі. Памёр 9 чэрвеня 1597 года пасля працяглай хваробы.
Шанаванне
Нягледзячы на сталыя праблемы са здароўем, Жазэ ды Аншыета шмат вандраваў па Бразіліі, пры гэтым лічыўся «бацькам беднякоў, лекарам хворых і пацярпелых, дарадцам губернатараў, але, перш за ўсё, сябрам і абаронцам індзейцаў у іх вёсках»[6]. Яму прыпісваліся цуды лекавання, уменне паднімацца ў паветра падчас пропаведзяў для тупі. Аднойчы з дапамогай божага слова ён нібы абараніўся ад ягуара. Пасля смерці грабніцу Жазэ наведвалі тыя, хто хацеў абараніцца ад дзікіх звяроў. Часам яго называюць апосталам і бацькам хрысціян Бразіліі.
Святы Жазэ ды Аншыета глыбока шануецца ў Бразіліі і на Канарскіх астравах.
Літаратурная спадчына
Жазэ ды Аншыета пакінуў багатую эпісталярную спадчыну[7][8], у тым ліку нататкі пра гістарычныя падзеі, індзейскую культуру і прыроду Бразіліі. Таксама ён аўтар тэатральных відовішчаў, рэлігійных вершаў Poema à Virgem і паэмы De Beata Virgine Dei Matre Maria у стылі барока.