في عام 1955، قامت إندونيسيا بتنظيم المؤتمر الآسيوي الأفريقي التي دعت فيه إلى استقلال كل من البلدان الآسيوية والأفريقية من الاستعمار الأوروبي. وأخذ المغرب استقلاله عن فرنسا في 18 تشرين الثاني / نوفمبر 1956. وفي 2 مايو عام 1960 قام الرئيس الإندونيسي أحمد سوكارنو بزيارة المغرب، كما قام بزيارة مجاملة إلى الملك محمد الخامس.[1] وفي عام 2008، قام وزير الخارجية الاندونيسي حسن ويراجودا بزيارة المغرب. وفي مارس 2009 قام رئيس الوزراء المغربي عباس الفاسي بزيارة لإندونيسيا.[2]
في 12 مارس 2013 اتفق المغرب وإندونيسيا على إنشاء اللجنة المشتركة لتحسين العلاقات في مجال الاستثمار والسياحة والتجارة والموارد البشرية والقطاعات، وذلك خلال الزيارة التي قامت بها وزيرة السياحة الإندونيسية ماري إلكا بانجيستو في لقاءها مع وزير الشؤون الخارجية والتعاون المغربي سعد الدين العثماني ووزير السياحة لحسن حداد.
حجم التجارة بين البلدين ارتفع من 35.99 دولار مليون دولار في عام 2003 إلى 109.31 مليون دولار في عام 2008.
تتمثل الواردات الإندونيسية من المغرب خاصة في الفوسفات التي تعتبر المادة الرئيسية في إنتاج الأسمدة. أما الواردات المغربية من إندونيسيا فتتمثل في الكيماويات، الحديد الصلب، القهوة، المطاط الطبيعي، الأواني الزجاجية، زيت النخيل، التوابل، الشاي، الأثاث.[2]
