تعد البحرية الإستونية واحدة من أصغر البحريات في العالم، مع وجود ست سفن مُكلفة لا غير بإزاحة أقل بكثير من 10.000 طن. بادئة السفن الخاصة بها هي (Eesti Mereväe Laev/سفينة البحرية الإستونية) وتختصر إلى (EML). شاركت البحرية الإستونية عدة مرات في التدريبات البحرية المشتركة لحلف الناتو.