Situs ini berisi halaman untuk semua entri di Protein Data Bank (PDB), serta halaman yang lebih deskriptif tentang struktur protein secara umum seperti asetilkolinesterase,[5]hemoglobin,[6] dan Fotosistem II[7] dengan tampilan Jmol yang menyoroti situs fungsional dan ligan. Ini menggunakan alat pembuat adegan sehingga pengguna tidak perlu mempelajari bahasa skrip JSmol untuk membuat adegan molekuler yang disesuaikan. Adegan khusus dengan mudah dilampirkan ke "tautan hijau" dalam teks deskriptif yang menampilkan adegan tersebut di JSmol. Hanya browser web yang diperlukan untuk mengakses situs dan informasi 3D; tidak ada peneropong yang perlu dipasang.
Proteopedia adalah pemenang penghargaan tahun 2010 untuk situs web terbaik oleh majalah The Scientist.[8]
^Hodis E, Prilusky J, Sussman JL (2010). "Proteopedia: A collaborative, virtual 3D web-resource for protein and biomolecule structure and function". Biochemistry and Molecular Biology Education. 38 (5): 341–2. doi:10.1002/bmb.20431. PMID21567857.
^Prilusky, J; Hodis, E.; Canner, D.; Decatur, W. A.; Oberholser, K.; Martz, E.; Berchanski, A.; Harel, M.; Sussman, J. L. (Aug 2011). "Proteopedia: A status report on the collaborative, 3D web-encyclopedia of proteins and other biomolecules". Journal of Structural Biology. 175 (2): 244–252. doi:10.1016/j.jsb.2011.04.011. PMID21536137.
