Tujuan utama aktivitas ilmiah Persatuan Nusantara ini ialah perkembangan hubungan ilmiah dengan institusi dan universitas di Nusantara, Eropa, Amerika Serikat dan Australia, mengadakan pertukaran buku, majalah dan lain-lain bahan, menyusun penyelidikan bersama, mengatur pertemuan dan seminar. Persatuan ini mendorong kerja penyelidikan siswa studi doktoral dan memberi kemudahan kepada sarjana Rusia dan pelajar di seberang laut. Seberapa jauh yang bisa, Persatuan ini bersedia untik memberi sokongan dalam pertukaran informasi di antara negara-negara Nusantara dengan Rusia, mengadakan berbagai macam pameran, pertunjukan, penayangan video dan film di samping memberi kemudahan kunjung-mengunjungi di antara kedua belah pihak.
Persatuan Nusantara menerbitkan setiap tahun satu kumpulan makalah dengan judul "Malaysko-Indoneziyskie Issledovania" (Penyelidukan Melayu-Indonesia) (pada tahun 2008 keluaran ke-XVIII diterbitkan).
Lembaga Pengurus
Semua kegiatan Persatuan Nusantara digerakkan oleh sebuah lembaga yang terdiri dari seorang Presiden, Sekretaris-koordinator, dan lima orang anggota.
Ketua: Prof. Dr. Sikorsky Vilen Vladimirovich (Kementerian Luar Negeri Rusia)