Yoshimitsu menyatukan Istana Utara dan Selatan (Nanboku-cho) tahun 1392,
Tahun 1394, Yoshimitsu pensiun dan digantikan oleh anaknya yang menjadi syogun ke-4 yang bernama Ashikaga Yoshimochi. Akan tetapi Yoshimitsu masih memegang kekuasaan atas pemerintahan syogun sampai wafatnya pada tahun 1408. Vila peristirahatannya menjadi Kinkaku-ji, Kuil Paviliun Emas.