1565年2月13日,西班牙征服者米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮抵达宿霧,隨後下令遠征隊征服馬尼拉,他的副手马丁·德戈伊蒂(英语:Martín de Goiti)從宿霧出發抵達馬尼拉。穆斯林他加祿人歡迎他們,但戈伊蒂有其他計劃,300名士兵組成的西班牙遠征隊穿過馬尼拉,與全副武裝的土著展開一場戰鬥,他們迅速擊敗並將當地村落夷為平地。次年,德莱加斯皮緊隨其後,與三位酋長締結和平條約,並組織一個由兩名市長、12名議員和一名秘書組成的市議會。
西班牙殖民者在馬尼拉位於帕西格河南岸的區域,建造一座名為「王城」的圍牆城市。1574年6月10日,西班牙國王腓力二世授予「傑出和永遠忠誠的城市」(Insigne y Siempre Leal Ciudad)稱號。1595年,馬尼拉被宣佈為菲律賓群島的首府,並成為三個多世紀以來跨太平洋白銀貿易的中心。
1928年計劃進行重大修訂,由曼努埃尔·马诺萨(Manuel Mañosa, Sr.)和胡安·马科斯·阿雷拉诺(英语:Juan M. Arellano)領導的委員會,在最初的伯納姆計劃的基礎上製定馬尼拉分區規劃,並且印刷及免費向公眾分發傳單,以徵求反饋意見。最終圖紙和文件於1933年被批准,並成為馬尼拉第一個分區條例的基礎。
菲律賓自由邦時期,馬尼拉仍然是國家的首都。在此期間,自由邦總統曼努埃爾·奎松夢想著一座可以取代馬尼拉,成為該國未來首都的城市。1939年夏,奎松總統聯繫威廉·帕森斯(英语:William E. Parsons)選擇新址,設計新的菲律賓首都。帕森斯於1939年6月抵達菲律賓,並最終選擇蒂利曼(他加禄语:Diliman)作為新首都的所在地。帕森斯還設法為新的菲律賓大學制定總體規劃。不幸的是,帕森斯於當年12月去世。帕森斯的前合夥人哈里·弗羅斯特(英语:Harry Frost)接手,並與胡安·阿雷拉諾(英语:Juan Arellano)和A·D·威廉姆斯(A. D. Williams)一起加入規劃委員會。隨之而後,加入第四位成員景觀設計師路易斯·P·克羅夫特(Louis P. Croft),他作為規劃和公園設計顧問加入團隊。他們受委託為奎松市製定總體規劃,並於1941年獲得批准。[2]
後來,橢圓形中央變成紀念奎松總統的奎松紀念圓環,400公頃的蒂利曼四角形若是根據後續的預設計畫,會被重新規劃為該市的中央公園。這個中央公園包含國家植物園、國家動物園、運動場、大型體育場和高爾夫球場,並將成為全市的綜合公園,以及公園道路系統的主要組成部分。該系統包括北部另一個80公頃的公園地帶,其中包含溪流沿岸的各種公園和綠化帶、眾多遊樂場和運動場。並且提議將一個46公頃的區域(目前由SM City North EDSA(英语:SM City North EDSA)佔用)作為國家博覽會的場地,該場地最初打算舉辦1946年世界博覽會,毗鄰擬議的科學政府中心。總體規劃的其他部分包括遷移菲律賓大學主校區,以及各項住宅項目和工商業中心的規劃。最後,沿著馬里基納和聖馬特奧山谷將有一條主要的綠化帶,以遏制城市蔓延、保留農田和維護城市的流域地區,然而預期的公園和公園道路系統都沒有建成。[2][3]
1949年,經過修改的市政中心從橢圓形交通圓環向東北遷移,建設在佔地158公頃的憲法山莊(Constitution Hills)。政府的三個權力分立機構和轄下部門被正式佈局,中央是20公頃的共和國廣場。廣場的右中部是擬建的菲律賓國會,左側擬議建造的行政長官廳將取代馬拉坎南宮,成為總統的新官邸;並有分配給最高法院(英语:Supreme Court of the Philippines)和其他憲法機構的區域。整個建築群將通過一條名為共和大道(Republic Avenue)的東西向公園大道,與馬尼拉互相連接,那裡計劃建造一座戰爭英雄紀念碑。該項計劃提交並由埃爾皮迪奧·基里諾總統批准,但需要將近三十年的時間,才能建成国会大厦(英语:Batasan Pambansa),預計於1978年完工。