1568年塞巴斯蒂昂亲政後不久,於在沒有子嗣的情況下,著手對摩洛哥的非斯進行一場聖戰,西班牙的腓力二世拒絕參與這次戰爭,並把他的女兒與塞巴斯蒂昂的婚期押後。1574年,他首次进攻摩洛哥即告失败,但他的狂热丝毫未减。1578年夏季他又准备好一支侵略军,这支军队缺乏战斗力,纪律松弛,组织涣散。他与摩洛哥被废的蘇丹穆罕默德·穆泰瓦基勒(英语:Abu Abdallah Mohammed II Saadi)联手率领这支军队在丹吉尔登陆,他拒絕接納手下的建議,獨自深入敵人領地。8月4日在马哈赞河附近的阿尔卡塞尔·吉比尔(Al Quasr al-kibr)与摩洛哥蘇丹阿卜杜爾·馬利克一世(英语:Abu Marwan Abd al-Malik I Saadi)展开了葡萄牙历史上最惨痛的战役。摩洛哥军队虽装备略逊一籌,但进攻十分凶猛,塞巴斯蒂昂率领的葡萄牙军队只好撤退,没有人知道他去了哪里,终年24岁。阿卜杜拉·马利克一世也因重病于次日去世,这场战争在历史上被称为“三王戰役”。