2006年歐洲足協圖圖盃（2006 UEFA Intertoto Cup）是圖圖盃改制後的首屆比賽，改制後會只有三輪比賽，而出線歐洲足協盃的隊伍會增至十一隊。

首回合於2006年6月17日至6月18日舉行，而次回合於6月24日至6月25日舉行。

第一隊	總比數	第二隊	首回合	次回合
樸比達	2–4	化奴	2–2	0–2
辛特祖利亞	0–8	馬里博爾	0–3	0–5
艾治拿斯	5–4	柏迪遜地拉拿	4–2	1–2
辛連斯基	4–1	馬沙斯洛克	3–0	1–1
奇利基亞	1–8	第比利斯戴拿模	1–5	0–3
卡拉簡迪	4–6	MTZ列普	1–5	3–1
尼特拉	12–2	基雲馬查	6–2	6–0
阿拿斯	1–2	泰拉斯普爾	1–0	0–2
凯夫拉维克	4–1	鄧根倫	4–1	0–0
甸拿堡	2–1	拖錫雲	1–1	1–0
譚柏利	8–1	卡馬頓	5–0	3–1
贊斯拿華	1–8	卡爾馬	1–6	0–2
維特拉	0–5	舒爾本	0–1	0–4

首回合於2006年7月1日至7月2日舉行，而次回合於7月8日至7月9日舉行。

第一隊	總比數	第二隊	首回合	次回合
蘇普朗	3–4	卡塞利	3–3	0–1
化奴	3–2	普夫迪夫火車頭	2–1	1–1
薛達1	1–4	馬里博爾	1–22	0–2
彼達迪華馬卡比	4–2	辛連斯基	1–13	3–1
奧斯積克	2–2（客）	艾治拿斯	2–2	0–0
草蜢	4–0	塔比歷斯	2–0	2–0
尼特拉	2–3	迪尼普	2–1	0–2
列特	4–1	第比利斯戴拿模	3–1	1–0
泰拉斯普爾	4–1	列治普斯納	1–0	3–1
FC莫斯科	3–0	MTZ列普	2–0	1–0
喜伯年	8–0	甸拿堡	5–0	3–0
奧丹斯	3–1	舒爾本	3–0	0–1
利尼史特朗	6–3	凯夫拉维克	4–1	2–2
譚柏利	3–5	卡爾馬	1–2	2–3

¹ 以塞爾維亞和黑山球隊名義參賽，現在屬於黑山球隊。
² 此場比賽於貝爾格萊德舉行，因為薛達的主場館未能達到歐洲足協要求。
³ 此場比賽於Herzliya舉行，因為彼達迪華馬卡比的主場館正在翻新。

首回合於2006年7月15日至7月16日舉行，而次回合於7月22日舉行。

第一隊	總比數	第二隊	首回合	次回合
歐塞爾1	4–2	化奴	4–1	0–1
拿尼沙	0–2	卡塞利	0–0	0–2
維拉利爾	2–3	馬里博爾	1–2	1–1
彼達迪華馬卡比	3–4	艾治拿斯	0–2	3–2
草蜢	3–2	真特	2–1	1–1
馬賽	2–2（客）	迪尼普	0–0	2–2
哈化柏林	2–0	FC莫斯科	0–0	2–0
列特	4–2	泰拉斯普爾	3–1	1–1
紐卡素	4–1	利尼史特朗	1–1	3–0
卡爾馬	2–3	川迪	1–0	1–3
奧丹斯	2–2（客）	喜伯年	1–0	1–2

* 馬賽与奧丹斯憑作客入球優惠晉級

¹ 在國際足協諮詢下，因為2006年義大利甲組足球聯賽醜聞正在調查，聯賽排名未確定，意大利代表巴勒莫退出圖圖盃。根據規例，由歐塞爾補上。

2006年圖圖盃第三圈獲勝球隊中：

• 除川迪、列特及馬里博爾外所有球隊都可躋身歐洲足協盃第一圈。
• 紐卡素、歐塞爾、草蜢及奧丹斯（奧丹斯擊敗另一隊圖圖盃第三圈獲勝球隊哈化柏林以獲得晉級資格）可晉身歐洲足協盃分組賽。
• 紐卡素晉身歐洲足協盃 32 強，並成為在該圈中唯一一隊從圖圖盃晉身歐洲足協盃的球隊，因而獲得圖圖盃總冠軍。

• 2006–07年歐洲冠軍聯賽
• 2006–07年歐洲足協盃

• 歐洲足協官方網站