2006年世界盃-亞洲區外圍賽會決定出4個直接出線2006年世界盃的席位及一個附加賽席位。參加球隊必須是亞洲足協成員國，在44個成員國當中共有39隊參加外圍賽，5隊沒有參賽的球隊包括菲律賓、文萊、柬埔寨、不丹以及緬甸（緬甸被除名）。4個出線席位由日本、南韓、伊朗及沙特阿拉伯奪得。而另一個附加賽席位是由擊敗烏茲別克的巴林取得，它與中北美洲及加勒比海地區的小組第四名（千里達）對碰後遭淘汰。
亞洲區外圍賽是共分三圈作賽：第一圈出線的7支隊伍可晉級第二圈；第二圈以小組形式進行，跟往届及后来的世界杯不同的是，小組首名的共8支隊伍可晉級第三圈；第三圈同樣以小組形式進行將8隊各分兩組，小組首名及次名的4支隊伍可晉級世界盃決賽周，而兩組第三名需進行附加賽，勝方的隊伍與中北美洲及加勒比海區的小組第4名再進行附加賽， 勝方的隊伍才可以得到一個出線決賽週席位。
第一圈是根據2003年10月22日前國際足協世界排名最低的14支亞洲區國家參加並進行抽籤，分成2隊進行雙循環淘汰賽，7隊的勝方球隊將會晉級第二圈。
以下是第一圈落敗者的積分榜，按每隊於第一圈成績排列，老撾成為最佳成績球隊可晉級第二圈
外圍賽第二圈將32隊共分為八組，而曾參與2002年世界杯的四支球隊，包括韓國、中國、沙特阿拉伯和日本分開，並不會同組。每隊互相對賽，採取主客雙循環賽制，勝出得3 分，和得1分，負則0分。按各隊於分組賽的總得分排列，每組的首名可進入第三圈階段。
八支球隊晉級後分為兩組，每組4支球隊，進行雙循環的對賽。6場對賽結束以後，兩組的首兩名球隊直接晉身2006年世界杯決賽周，而兩組的第三名需進行附加賽。
兩組的第三名分別先會進行雙循環的對賽，兩場合算勝方出線，將與北美洲及加勒比海區的第四名進行附加賽。
