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1999年至2000年德國足球乙級聯賽是德國足球聯賽第二級的德國足球乙級聯賽的第26個球季。联赛前三名科隆、波鸿和科特布斯升入2000年至2001年德國足球甲級聯賽.

積分榜

排名	隊伍	賽	勝	和	負	得	失	差	分	獲得資格或降班
1	科隆（冠）（升）	34	19	8	7	68	39	+29	65	升班到德甲
2	波鸿（升）	34	18	7	9	67	48	+19	61
3	科特布斯（升）	44	18	14	12	62	42	+20	68
4	紐倫堡	34	15	10	9	54	46	+8	55
5	门兴格拉德巴赫	34	14	12	8	60	43	+17	54
6	奥伯豪森	34	12	13	9	43	34	+9	49
7	格罗伊特菲尔特	34	10	16	8	40	39	+1	46
8	亞琛	34	12	10	12	46	54	−8	46
9	美因茨05	34	11	12	11	41	42	−1	45
10	漢諾威96	34	12	8	14	56	56	0	44
11	开姆尼茨	34	11	10	13	42	49	−7	43
12	瓦德霍夫曼海姆	34	10	12	12	50	59	−9	42
13	聖保利	34	8	15	11	37	45	−8	39
14	斯圖加特踢球者	34	10	9	15	49	58	−9	39
15	幸运科隆（降）	34	8	11	15	38	50	−12	35	降班到 Template:Fb competition 2000-01 Regionalliga
16	奥芬巴赫踢球者（降）	34	8	11	15	35	58	−23	35
17	卡尔斯鲁厄（降）	34	5	12	17	35	56	−21	27
18	柏林普鲁士网球（降）	34	10	10	14	42	50	−8	40	降班到 Template:Fb competition 2000-01 Regionalliga ¹

資料來源：Bundesliga.de
排名規例：
1).積分；2).得失球差；3).入球。
¹柏林普鲁士网球执照被吊销，根据德国足协规定的第41段，柏林普鲁士网球排名垫底。
幸运科隆同柏林普鲁士网球降入德国足球地区联赛北区联赛，卡尔斯鲁厄与奥芬巴赫踢球者降入德国足球地区联赛南区联赛。
（冠） = 冠軍； （降） = 降班； （升） = 升班； (附) = 附加賽勝者； (晉) = 進入下一圈。
只在球季仍進行中使用：
(參) = 獲得指定競賽參賽權； (TQ) = 獲得競賽參賽權，未知指定圈數； (DQ) = 取消競賽參賽權。

射手榜

进球数	球员	球队
21	Tomislav Marić	斯圖加特踢球者
19	Arie van Lent	门兴格拉德巴赫
19	Achim Weber	波鸿
15	Rainer Krieg	卡尔斯鲁厄
	Antun Labak	科特布斯
	Peter Peschel	波鸿
14	Dimtcho Beliakov	紐倫堡
	Saša Ćirić	柏林普鲁士网球俱乐部
	Dirk Lottner	科隆
13	Gustav Policella	美因茨05
13	Angelo Vier	奥伯豪森