此时的任天堂正在为自己新一代掌上游戏机Game Boy Advance在未来上市而做准备。作为一款以二维图像为主的电子游戏平台，任天堂需要为GBA增加游戏开发团队和人员。为了加强游戏软件的研发能力，任天堂出资注册建立了Brownie Brown；[3]公司位于东京都武藏野市吉祥寺，而从史克威尔离开的龜岡慎一等人成为了该公司的绝对主力，并且由龜岡慎一担任社长。Brownie Brown的名字意思是“棕精灵布朗”；而名字由来是因为在苏格兰的古老童话里棕精灵代表着勤奋，而Brown是这只棕精灵的名字；[4]这个名字也包含有日语的双关。
公司成立后，曾一起在史克威尔的《聖劍傳說 瑪娜傳奇》开发团队中工作过的平石有孝（程序）、北上弘（图形设计）、松浦聖（图形设计）、門井元（图形设计）、今川伸浩（图形设计）等人也陆续加入。Brownie Brown开发的第一款游戏是仅在日本发售的《魔法假期》（マジカルバケーション，Magical Vacation），这是一款Game Boy Advance平台的角色扮演游戏，发售于2001年。
2002年3月时，史克威尔与任天堂终于冰释前嫌，双方恢复了商业上的来往与合作：史克威尔开始为任天堂当时的家用主机任天堂GameCube和掌上游戏机Game Boy Advance开发最终幻想水晶编年史系列、任天堂时任社长山内博以个人名义投资入股史克威尔的子公司THE GAME DESIGNERS STUDIO,INC.（株式会社ゲームデザイナーズ・スタジオ）这是一家专门为制作GBA平台游戏而成立的工作室[5]、任天堂还将负责史克威尔为其开发的电子游戏的海外推广发行等事宜。其中史克威尔计划为GBA平台提供的游戏中包括了《新约 圣剑传说》（新约 圣剣伝説，Sword of Mana），这是1991年发售的圣剑传说系列第一作《聖劍傳說 ～最終幻想外傳～》的重制版本，并加入了新的游戏元素。[6]本作交由Brownie Brown开发，由已與艾尼克斯合併後的史克威尔艾尼克斯负责日本地区发行，而任天堂负责海外的发行。
之后Brownie Brown又为史克威尔艾尼克斯开发了《圣剑传说》的新作《圣剑传说 玛娜英雄》（圣剣伝説 HEROES of MANA，Heroes of Mana）。这是《圣剑传说》系列继《玛娜之子》之后在任天堂DS平台上的第二作，也是该系列第一次尝试使用即时战略的游戏形式进行游戏。有意思的是在本作发售（2007年3月）之后的一个月，另一款由史克威尔艾尼克斯发行在任天堂DS上的《最终幻想XII 归来之翼》也不约而同地使用了即时战略+角色扮演的游戏形式；不同的是，《玛娜英雄》在评价上并没有达到《归来之翼》的水品，全球的游戏媒体给《玛娜英雄》的评价都是比较中庸的。[13][14]本作的表现也让史克威尔艾尼克斯把这个系列束之高阁，直到六年后的2013年，才在GREE平台上面向智能手机平台推出了《圣剑传说》以卡牌游戏为形式的新作《圣剑传说 玛娜之环》（聖剣伝説 CIRCLE of MANA）。
