嗣德二十八年（1875年），阮有度升任鴻臚寺卿，充商政兼督海防。該年阮有度請假回京，嗣德帝向其詢問北圻之事。阮有度向嗣德帝陳奏北圻有三大難題：一是堤政，二是流民，三是商政。並提出了自己的解決辦法。後任吏部辦理充參辦商舶事務。又因上奏會試場官泛取不當一事獎授光祿寺卿，領河內巡撫兼掌商政。嗣德三十五年（1882年）春，河內失守，阮有度充副欽差，領河內巡撫，與正使陳廷肅同抵河內。十一月，改任河寧總督，上疏推辭，不獲允許。咸宜元年（1885年），任侍郎，權理河內總督。五月，咸宜帝出奔抗法。阮有度同法人進京，與尊人廷臣一道上奏太皇太后，請以堅江郡公阮福膺豉為帝。該年秋，堅江郡公繼位，是爲同慶帝，加阮有度為保國勳臣、太師、勤政殿大學士、機密院大臣、北圻經略大使，晉封永賴伯（越南语：Vĩnh Lại Bá／永賴伯），兼顧諸部衙事務。身為輔政大臣，和阮文祥、潘廷評三人代理执掌朝政。同慶元年（1886年），廣平黃有福作亂，阮有度奏請御駕親征，阮有度充任御前統帥軍務大臣。九月，同慶帝欲封阮有度侯爵，阮有度堅辭不受。
阮有度第三女阮氏嫻受封皇貴妃，阮有度請求援例辭去職務，未獲允准。同慶二年（1887年），阮有度再度擔任北圻經略大使，同慶帝特賜良玉如意和龍牌。同慶三年（1888年）正月，晉封永賴郡公（越南语：Vĩnh Lại Quận Công／永賴郡公）。同年（1888年）冬，阮有度因病在河內去世。同慶帝輟朝三日，優賜紗帛錢文。北圻法國官員也按法人習俗，臂懸黑布，以示悼念。
啟定二年（1917年）正月，啟定帝追贈阮有度為永國公（越南语：Vĩnh Quốc Công／永國公）。啓定三年（1918年），啟定帝出巡北圻，為阮有度永國公生祠題詩：“推轂先皇重委卿，北方萬里倚長城。澤民致主功猶在，不負千秋不朽名。”
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