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本條目介紹港珠澳大橋 對當地影響而產生重大批評聲音和爭議事項。內容包括法律、造價、污染、文化、效率，以致大橋質量安全等各項存在的問題，以盡可能完整地列出所有對港珠澳大橋的批評與爭議 。
2008年，環保組織綠色力量 發表關於《港珠澳大橋及北大嶼發展對蝴蝶熱點－䃟頭之影響》的報告提及，生態評估末能反映現實情況，並舉例說明香港過去有環評報告存在缺點，調查時間不足。報告亦指，香港是「蝴蝶天堂 」，蝴蝶數量更多於如日本 、英國 等國家，全香港有240種蝴蝶，東涌就佔當中的87個品種，值得環境評估重視。[ 1]
2010年1月，東涌一名老婦取得法律援助 後向香港高等法院 提出司法覆核 ，挑戰港珠澳大橋香港段的環境影響評估 報告，《港珠澳大橋香港段環評報告(AEIAR-145/2009) （页面存档备份 ，存于互联网档案馆 ）》。[ 2] 香港高等法院 判決香港環境保護署 署長敗訴，指環評報告未有比較大橋興建前後空氣污染程度的變化，違反《環境影響評估條例》的要求及其立法宗旨，決定撤銷對工程批出的環境許可證。[ 3]
2011年9月27日，香港高等法院上訴庭判決環境保護署署長上訴得直（即上诉成立，予以改判）。香港政府表示由於司法覆核及上訴期間的工程價格上升及要改變施工方法以趕上原定完工日期，預計香港段工程費用將增加約65億港元。[ 4] 公民党 的余若薇 則在专栏撰文反驳，港珠澳大桥工程延误並非因为司法复核，因为法庭根本沒有向政府颁发工程禁制令，而且在政府首次败诉亦早有报导指出港珠澳大桥工程延误是由於「工程须与內地协调，以及需要就大屿山 以北的大小磨刀 进行额外的海岸公园初步研究」。[ 5] [ 6]
香港特別行政區政府 政府新聞處 公報香港環保署 資料，東涌新市鎮 空氣質素變差。2018年港珠澳大橋開通後，東涌監測站錄得PM2.5 及PM10 分別上升39%及49%，其中PM2.5含量更超出世衞 標準。而健康空氣行動 的學者質疑空氣污染與通車有關，建議署方跟進。署方回覆指，受風勢影響更會造成擴大污染範圍區域，元朗 和屯門 同時空氣污染讀數提升。[ 7] 二氧化氮 、二氧化硫 及一氧化碳 方面。2013年至2017年，空氣污染明顯減幅達26%至38%。更早之前，立法會議員就指中港兩地汽車廢氣排放準則不同，指通車後東涌的車流量會增加，長遠增加空氣污染惡化的風險。[ 8] 臭氧 污染變成全香港最嚴重地區，指報告不提及。[ 9]
港珠澳大橋由工程期間至通車之後都涉及多宗污染海洋水質指控，水質污染707次超標[ 10]
2015年時，香港特區政府接獲投訴，指港珠澳大橋香港段工程地盤排放污水。環境保護署派人調查後，並未發現相關問題。[ 11]
2017年4月，港珠澳大橋香港段人工島周邊水域，被發現部分海面呈泥黃色污水。[ 12] [ 13] 環保團體生態教育及資源中心 主席程詩灝表示，油污多數來自大型工程船產生的氣化油 ，隨污水排進大海，長久之後會岸邊生態亦受影響。[ 14] 微膠粒 等重工業危害 的中國南方水域部份。[ 15] [ 16] [ 17]
香港海豚保育學會 中華白海豚 的整體數量由80條減少了33條，跌幅高達40%。人工島填海更對海豚構成嚴重影響，大嶼山東北水域3年內沒有白海豚出沒。[ 18] [ 19] [ 20]
《人民日報 》在2018年10月28日發表題為「大橋通三地 協作添動力」的報道，稱港珠澳大橋各項環保措施「史無前例」，實現了環境「零污染」和中華白海豚「零傷亡」，大橋建設兌現了「世紀工程完成、白海豚不搬家」的承諾。」[ 21] 韋東慶 稱目前發現的中華白海豚數目比以前更多。然而相關言論引起環團批評，認為無科學研究數據支持[ 22] [ 23]
港珠澳大橋東人工島（2017年5月） 隧道東人工島 由大石組成的防波堤 部分範圍邊緣參差不齊，看似被海水「沖散」（2018年7月） 港珠澳大桥東人工島填海地被報章報道出現飄移及沉降[ 24] [ 25] [ 26] 網民 分享航拍 照片，發現隧道 東人工島 由大石組成的防波堤 部分範圍邊緣參差不齊，疑被海水 「沖散」。
大橋管理局 在4月4日發聲明，認為相片可能是「觀感上、視覺上的錯覺」，是刻意隨意擺放[ 27] 文滙報 》直指《蘋果日報 》造謠，質疑拍攝相片的網友非工程界專業人士[ 28] 林鄭月娥 指：工程 穩妥是一件具科學 驗證的事，要看專家 論證 ，勿以個別照片質疑它的設計[ 29] 路政署 表示此人工島設計是用三百年一遇[ 30] [ 31] 路政署 長鍾錦華會見傳媒 解釋事件，強調防波堤和「定點隨機安放」的弱波石現况與施工圖 脗合，沒需要修補，強調防波堤設計 科學 、合理及安全。不過工程師質疑說法，同時批評政府未有提供施工圖 、水流數據等資料，未能說服市民解答疑團[ 32]
香港土木工程師 倪學仁對管理局的解說提出數點質疑，指出：一、萬宜水庫 的水波塊重量 為25公噸 ，此人工島只有5公噸；二、浮箱隧道 連接人工島的地方是刻意放輕的水波塊在上，避免下面承載力有限、荷載不能過大[ 33] 隧道 沉陷。而颱風天鴿 並非史上最強颱風 ，能夠經歷天鴿的考驗並不代表安全。若水波塊骨牌效應 一併移走，隧道 有機會往上浮、裂開及進水，情況變成進退維谷，屬結構性安全問題。倪建議兩邊加建堤壩 以防超強颱風 [ 34] [ 35] 海水 可能覆蓋人工島，甚至沖進隧道 [ 36] [ 37] 米 高浪 [ 38]
2019年12月13日，一名港人由香港經港珠澳大橋前往澳門期間，在東人工島被珠海公安拘捕，引起大橋的司法管轄權的爭議[ 39] [ 40] 保安局 指大橋主橋的執法事宜由中國內地按內地法律進行[ 41]
港珠澳大橋原定2016年底完工，但卻出現嚴重延誤及超支。香港段造價由原先估計762億港元大幅超支至2017年估計的1,177億港元。[ 42]
香港廉政公署 於2017年5月16日展開代號「綠田園」的行動，拘捕受土木工程拓展署 委託進行混凝土 測試的的承辦商「嘉科工程顧問有限公司」的兩名高層人員及19名職員，指他們在港珠澳大橋香港段工程中涉嫌貪污，並向土木工程拓展署呈交虛假混凝土壓力測試報告。19名前實驗室職員被廉政公署落案起訴，分兩案審訊。其中一宗案件的被告為嘉科工程顧問前工地實驗室技術員黃國堯（61歲），他承認兩項使用虛假文書罪，於2017年12月1日在屯門法院 被判監禁8個月。[ 43] [ 44]
港珠澳大橋香港段自動工以來，除被揭超支及工程延誤外，更多次發生嚴重傷亡意外。直至2017年3月，工程共釀成10人死亡，逾600人受傷，被形容為「奈何橋」[ 45] [ 46] [ 47] 職業安全健康 工作。在通車前，有工業傷亡權益會人員、部分立法會議員和建築地盤職工總會代表到大橋香港接線的一處橋墩默哀和獻花，並提出設立紀念碑，以肯定及尊重工人的貢獻，並讓市民瞭解工業意外的嚴重性和重視職業安全，同時指出早於1970年代建成的萬宜水庫 也有設紀念碑紀念5位殉職工人[ 47] [ 48] [ 49]
2012年10月25日10时半，工人在香港段人工岛地盘以「钢圆筒建岛」方式填海，事发时有一临时工作台突然下坠2米，怀疑有工料倒下，且在坠落时工人撞倒硬物，當場壓斃1名58歲的工人，另外14人受傷，當中2人危殆，2人嚴重。[ 50]
2014年7月23日，一名男工人在躉船上搬運喉管時墮海身亡。[ 50]
2014年9月9日，一名男工人處理淤泥時，意外從躉船上墮海身亡。[ 51]
2014年10月19日凌晨2時19分，一名男工在機場赤鱲角南路地盤內離地約15米的橋墩工作台工作，一部搭建在橋墩的架橋機因吊運組件時懷疑不勝負荷，架橋機扯斷工作台，男工墮地死亡。[ 52]
2014年12月12日，一名挖泥機手首次在大橋工程附近香港口岸人工島上開工操作挖泥機，地盤地面疑因風浪大而搖擺不定，他與挖泥機一併墮海，沉在海牀一夜，由消防蛙人撈起時已死亡。[ 53]
2015年4月7日，一名機械工程公司股東，於興建中的海底隧道工程地盤駕駛一部重型吊臂機期間，被鬆脫墮下的吊鈎連鋼纜擊斃。[ 53]
2016年4月23日，一名35歲泰籍外勞，在人工島高約15米的橋躉工作時，身上安全帶連圍欄急墜，連人帶欄墜海死亡。[ 54]
2017年3月29日，位於大橋下的一個懸掛式工作台的帆布索帶突然斷裂，三名在工作台的南亞裔工人隨工作台飛墮入海，帆布索带同时飞弹桥面，抽擊另外兩名南亞裔工人，令兩人跌入海中。造成2死3傷。[ 55]
2017年5月5日傍晚6時許，一名36歲工人在赤鱲角人工島為發電機進行維修時，懷疑搶火燒着旁邊油桶引發火警，事主手腳被燒傷，送院後情況危殆。[ 56]
2017年5月25日上午9時28分，人工島B1區一名35歲男工人從高處墮下，送院時清醒，及後情況危殆。[ 57] [ 58] 2017年8月7日，香港電台 節目《鏗鏘集 》以「工傷之後」為題，描述港珠澳大橋香港段工業意外中，部份工人和家屬仍然受到司法過程和各部門緩慢的處理手法困擾着，已經飽受難受與辛苦，反問當時的承辦商和政府部門為何一拖再拖。節目也探討責任誰屬。節目播出後，在香港電台網站裏的《鏗鏘集》專欄中介紹了「工傷之後」。[ 59]
據星島日報 報道，因港珠澳大橋大部分区域均在内地水域，因此在道路通行方向 的問題上，採用右上左落的安排，與內地行車方向一致，而香港和澳門均採用左上右落。因此在香港有立法會議員質疑為何香港為港珠澳大橋「作出咁大遷就」。香港運輸及房屋局 副秘書長（運輸）羅翠薇表示，大橋與香港連接路的交接點是一段時速一百公里的快速公路，用「右上左落」的行車安排是最恰當，且能有效及順暢達到轉線安排，同時保障駕駛者及乘客安全[ 60]
在東涌站 外乘坐B6巴士線 的游客 自大橋開通後，大批旅客每逢周末 到東涌 和大嶼山 各區購物遊覽，即使在平日旅客也絡繹不絕。而市中心的B6巴士總站下午至晚間有逾千人候車，人龍排至百米，需等候至少40分鐘才可上車。區內居民抱怨旅客迫爆、聲浪過大、影響生活、要求將巴士站遠離民居。而多個商場人流相當多，茶餐廳及快餐店座無虛席，需排長龍 ，洗手間衞生情況亦變得惡劣。居民指部分貨品被旅客很快被搶購一空，嚴重影響民生，認為東涌已「淪陷 」。[ 61] [ 62] [ 63] [ 64] [ 65]
陈帆 于2018年11月9日呼吁：旅客抵达香港口岸后应该乘坐A线巴士或B5 前往香港市区各地游览购物 ，不必集中在东涌[ 66] 東涌 上落客[ 67] 周末 都出現中國大陸遊客「塞爆」東涌現象，林鄭月娥 出席立法會答問大會時表示，已與大橋穿梭巴士公司商討用預約服務分散時間，並用B5線以及增加旅遊巴 ，將旅客分流到欣澳 。旅客可以經由欣澳站轉乘港鐵 到市區，不需過分集中於東涌。[ 68] 張建宗 說區內整體情況已見紓緩[ 69]
此外，八条机场巴士路线绕经港珠澳大桥香港口岸后客量剧增，部分班次超员运行且行李堵塞车厢通道，影响来往机场的旅客，香港立法会议员谭文豪 等人为此建议运输署分拆大桥线和机场线。[ 70] [ 71]
自大橋開通後，有媒體發現大部分即日遊中國大陸旅行團涉嫌無牌經營，中國大陸領隊涉嫌當「黑工」。而根據香港法例，訪港旅行團需在香港登記並聘請香港領隊，以保障旅客和確保旅行團質素。立法會議員質疑有關做法疑違反《旅行代理商條例》。商務及經濟發展局長邱騰華 表示關注違規旅行團情况，向廣東省港澳辦提出有關問題。[ 72] [ 73]
堪輿師 陳天恩 認為港珠澳大橋的兩座人工島形似「兩蛇 對沖」，破壞港澳風水 [ 74]
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