帕特里克·弗朗西斯·希利因身体不佳辞职,杜南1882年1月27日开始担任副校长并代理校长职务[1],8月17日转正[8]。此时学校面临巨债,入学人数很少,而且缺乏赞助[9]。希利担任校长期间筹得的捐款在杜南接手后继续注入,后者还把大学在西北区滕利镇(Tenleytown)拥有的别墅和格洛弗公园(Glover Park)附近的农场转卖,偿还大学欠债超过30万美元[10],这些债务大部分是因建筑希利堂所欠[11]。杜南借鉴希利担任校长期间向校友募捐的做法,并且更加努力,赢得耶稣会省级会长托马斯·坎贝尔(Thomas J. Campbell)称赞。杜南离任时,乔治城大学的债务已大幅减少[12]。1882年杜南在毕业典礼上颁发文凭,这也是乔治城大学取得联邦特许后首度颁发文凭[13]。
杜南担任校长期间,乔治城大学医学院建设新大楼[16],由保罗·佩尔兹(Paul J. Pelz)设计,1886年夏在第十街和E大街路口竖立[17]。第二年,美國天主教大學在哥伦比亚特区成立,该校创始人与乔治城大学的耶稣会士为此关系非常紧张。为缓解矛盾,该校首任校长约翰·基恩(John J. Keane[18])神父向杜南提议买下乔治城大学[19],结果可想而知[20]。
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