本艦底部設有大型舭龍骨,但根據海軍歷史學家坎貝爾(N.J.M. Campbell)的報告卻指出艦底裝設的是近似於舭龍骨的捲狀物,在海上航行時不能如預期地穩定船體,反而很容易產生搖晃並顛頗得非常厲害(英语:Ship motions)。[5][6]然而坎貝爾的報告與艦長奧古斯特·約瑟夫·馬利·喬治·布克桑(Auguste Joseph Marie Georges Bouxin)在1905年11月的航海日誌相衝突,當時艦長在日誌上稱讚耶拿號是一艘出色的船,在海上航行時整體穩定性良好,搖晃與顛頗的狀況也相對平穩。[7]另外根據海軍歷史學家約翰·喬丹(John Jordan)和菲利普·凯勒斯(Philippe Caresse)的出版刊物中提及,耶拿號修長的船體,可減緩海上搖晃程度,加上良好的機動性,他們認為本艦是一艘不錯的海上砲台。[8]
耶拿號戰艦在1907年3月4日時移至土倫米西西內港(Missiessy Basin)的2號旱塢,準備進行船體維護,以及檢修舵軸等作業。在移至旱塢8天後的下午,本艦突然發生一連串大爆炸。整個爆炸時間從下午1點35分開始,一直持續至2點45分左右,爆炸起始點位於艦艉的第5號100毫米(3.9英寸)口徑火砲的彈藥艙,艦體及周圍區域皆被炸毀,周圍三間工廠的屋頂也被掀開,而後煙囪(英语:Funnel (ship))到後主砲塔的艦體區域都幾乎完全毀壞。由於耶拿號在爆炸時正在旱塢內,無法於第一時間將海水灌入彈藥艙。停靠於隔壁旱塢的祖國號戰艦在發生事故後,該艦的艦長試圖利用副砲破壞塢門,讓海水能灌進船塢來滅火,但砲彈沒有擊穿塢門而是被反彈回來。最後塢門是由海軍上尉維克托·讓·安東尼·魯林(Victor Jean Antoine Roux)冒死打開,海水才得以灌進船塢內,但他本人最後被飛濺的爆炸碎片擊中而殉職,耶拿號也因受多次爆炸而完全毀壞。位於1號旱塢的蘇弗朗號戰艦也受到這次爆炸波及,艦體差點傾覆。[29][30]
調查結果指出,第一起爆炸的源頭為艦艉的100毫米(3.9英寸)口徑火砲彈藥艙,爆炸起因可能是由B火藥(英语:Poudre B)引起的,這類型火藥是法國軍事上常使用的砲彈裝藥,是以硝化纖維、乙醚、戊醇類等化學物質組成,其特性非常不穩定,長期存放容易釋放出戊醇類物質,而戊醇類物質又與氮混合產生硝酸鹽化合物,導致遇到高溫或劇烈震動時容易自燃。[32][33]據估計,當時艦上彈藥艙庫存約有百分之80為B火藥。整起事故造成120人喪生,其中包括在郊區拉斯水道橋(法语:Pont du Las)遭到碎片波及的2名平民。[30][34]據當時目擊者聲稱,當日在燃燒時曾見到天空中散發著出黃色的煙,而這也與B火藥的燃燒特性吻合;為了驗證這一理論,海軍總司令加斯頓·湯姆森(英语:Gaston Thomson)下令在1907年3月31日建造與艦上一模一樣的彈藥艙與黑火藥彈藥艙,試圖還原當時爆炸情況,但在1907年8月6日至7日進行測試後卻沒有得到任何結果,而測試人員也僅把失敗的原因歸咎於測試使用推進劑的年限與原先囤放在耶拿號的年限不同。法國總統阿尔芒·法利埃於1907年8月6日組織一技術委員會,試圖調查爆炸原因,其成員包括數學與物理學家儒勒·昂利·庞加莱、化學家阿爾賓·霍爾(英语:Albin Haller)、以及B火藥的發明者保羅·瑪麗·歐仁·維埃勒(英语:Paul Marie Eugène Vieille)等人,但最後仍未能得出明確的結論。海軍管理推進劑的部門(Service des Poudres et Saltpêtres)則是對其產品的批評做出反駁,該部門聲稱產品已經經過持續12個小時耐43 °C(110 °F)溫度測試,不過該部門卻從未解釋該測試與實際上各艦隊儲藏狀況的相關性;B火藥畢竟在當時是法國海軍主要使用的火藥,各艦幾乎都會存放之,但若要長期存放僅能放置在自然通風良好的彈藥艙內。歐內斯特·莫尼斯所領導的委員會於1907年7月9日發布調查報告,將爆炸起因歸咎於B火藥,但這項結論卻在1907年11月21日至26日間進行辯論。亨利·米歇爾所領導的委員會則在1908年11月7日才公布調查報告,但針對內容的辯論卻已經在1908年10月16日至19日進行過,並僅以「模糊及不精確的模型」為總結。[35]最終整起爆炸事故在法國社會上引起一陣激烈的爭辯,政府部門被控為重大過失,須負起最大責任,引發一場名為「火藥醜聞」(法語:l'affaire des poudres)的醜聞案,導致海軍總司令湯姆森在辯論最後一天被迫引咎辭職。[34]
B火藥的危險性在這起事故後仍沒有被法國人警覺,而這也間接導致自由号战列舰於1911年殉爆損毀。[36]海軍委員會主席保羅·班勒衛在自由號發生爆炸事故後,招集一群人組成調查委員會。調查會委員之一的安東·施韋勒(英语:Antoine Schwerer)在檢閱後,於1912年撰寫《海軍火药報告》(英語:Report on Naval Powders),這才使法國人決定改進B火藥的成分。[37]
Gille, Eric. Marines Editions , 编. Cent ans de cuirassés français. 1999. ISBN 978-2909675503(英语).
L' Illustration 129 (3342). J. Dubochet. 1907 (法语).
L' Illustration 129 (3343). J. Dubochet. 1907 (法语).
Jordan, John & Caresse, Philippe. French Battleships of World War One. Annapolis, Maryland: Naval Institute Press. 2017. ISBN 978-1-59114-639-1(英语).
Schwerer, Antoine, Rapport concernant les poudres de la marine, présenté à M. le ministre à la suite de l'enquête qui lui a été confiée, Paris: Impr. nationale: 268, 1912 (法语)
Prommersberger, Jürgen. 17. 26 November 1916: Suffren (1899). Jordan, John (编). Battles at Sea in World War I - LOST BATTLESHIPS. Jürgen Prommersberger. 2016. ISBN 978-8-82282-901-6(英语).