组成单位之一的第7特设根据地队在连场作战中损耗颇大,1944年(昭和19年)3月与第2特别根据地队合并成为第27特别根据地队。3月14日,日本海军考察当前的战局,认为新几内亚北岸的部队分属两支方面舰队,不利于统一指挥,决定自3月20日起至5月初进行改编,将第九舰队从东南方面舰队转调到西南方面艦隊辖下,并从第四南遣艦隊渐次调拨部队到第九舰队。根据这一方针,舰队司令部从韦瓦克转移至荷兰迪亚,并在当地作停留,准备5月10日左右进一步转移到马诺夸里[3]。但局势的发展超出了日军的计划,4月22日,美军发起鲁莽-困扰行动(英语:Operations Reckless and Persecution),从荷兰迪亚进行登陆。5月3日舰队司令部受到毁灭性打击,舰队高层大批战死,指挥机能瘫痪。7月10日舰队编制解散,残存的第27特别根据地队转为西南方面舰队直属,此后一直维持到战争结束。