佐世保鎮守府（日语：佐世保鎮守府／させぼちんじゅふ ^{Sasebo chinjufu */?}），是曾位于長崎县佐世保市的舊日本海軍鎮守府。通称佐鎮（佐鎮／さちん ^Sa-chin）。

九州最初是作为对西日本一带地区的防御以及对朝鲜、中国等东亚地区进行侵略活动的根据地，而在九州西岸设立海军军港。 将与伊万里和平户岛的江袋湾等一样在当時是人口仅3千人的贫穷小村落的佐世保列为选址地。海軍部部内讨论结果，决定在有着天然良港的佐世保开辟軍港并设置鎮守府。1889年（明治22年）7月1日佐世保鎮守府正式开厅办公。初代鎮守府司令長官为赤松則良海軍中将。

• 1883年（明治16年）8月 - 軍艦「第二丁卯」（东乡平八郎艦長）为了勘测佐世保而入港。时任负责人为肝付兼行海軍中校。
• 1886年（明治19年）4月21日 - 颁布鎮守府官制，决定在佐世保设置「第三海軍区鎮守府」。
• 1887年（明治20年）9月 - 鎮守府官制改正，名称改为「佐世保鎮守府」。
• 1889年（明治22年）7月1日 - 鎮守府開庁。
• 1890年（明治23年）4月26日 -明治天皇亲自出席開厅仪式。
• 1898年（明治31年）1月20日 - 九州铁道（現JR九州）佐世保站开始启用。
• 1902年（明治35年）4月1日 - 佐世保市制施行。
• 1903年（明治36年）11月 - 設置海軍工廠（現在佐世保重工業的前身）。
• 1905年（明治38年）9月11日 - 在佐世保港内停泊的連合艦隊旗艦三笠爆炸沉没。后被打捞修复。
• 1911年（明治44年）1月6日 - 佐世保海軍共済組合医院开始运作。現为佐世保共済病院。
• 1920年（大正9年）12月1日 - 在崎边海域填海地组建佐世保海軍航空隊。
• 1922年（大正11年）11月 - 針尾無線塔建成，12月起开始使用。
• 1924年（大正13年）3月19日- 高島海面进行的演習中，第43号潜水艦遭冲突沉没、乗組員45名全部殉職。
• 1934年（昭和9年）3月12日- 在大立島海面进行的军事演習中，水雷艇友鶴遭難翻覆，船上官兵72名殉職、28名失踪、仅13名生還（友鶴事件）。
• 1941年（昭和16年）10月1日- 地盤沈下のために日宇での開業を断念した第21空廠が大村で操業開始（跡地は白岳工業団地に転用された）。
• 1945年（昭和20年）6月28日 - 在佐世保空襲中鎮守府庁舍等被烧毁。
• 1945年（昭和20年）11月30日 - 鎮守府废止。

1. 赤松則良（建築委員長） 中将：1887年9月26日 - ※作为軍港設置委員長负责指揮港湾設備的建造。在船坞建造失败之后感到万分悔恨。
2. 赤松則良 中将：1889年3月8日 -
3. 林清康 中将：1891年6月17日 -
4. 井上良馨 中将：1892年12月12日 -
5. 相浦紀道 少将：1893年5月20日 -
6. （心得）柴山矢八 大校：1894年7月13日 - ※所有鎮守府長官中唯一一人，没有达到将官级别而是以上校军衔就被任命为长官。
7. 柴山矢八 少将：1894年7月30日 -
8. 相浦紀道 中将：1897年10月8日 -
9. 东乡平八郎 中将：1899年1月19日 - ※在連合艦隊司令長官時代将「万歳楼」的亲笔题字捐赠予万松楼。
10. 鮫島員規 中将：1900年5月20日 - ※日俄战争中の激務をすべて坂本俊篤参謀長に丸投げし，被人揶揄为「寛厚的長者」。
11. 有馬新一 中将：1906年2月2日 -
12. 瓜生外吉 中将：1906年11月22日 -
13. 有馬新一 中将：1909年3月1日 -
14. 出羽重遠 中将：1909年12月1日 -
15. 島村速雄 中将：1911年12月1日 -
16. 藤井較一 中将：1914年3月25日 -
17. 山下源太郎 中将：1915年8月10日 - ※其小学4年级的儿子在放学途中在海军军官刺伤而死亡。当时的现场，现在八幡神社入口处的「児童遊園」中立有慰灵碑。
18. 八代六郎 中将：1917年12月1日 -
19. 財部彪 中将：1918年12月1日 - ※鵜渡越からの絶景を老母に見せるため、母を背負って弓張岳を登山したエピソードから「扶老坂」の碑が建てられた。
20. 栃内曽次郎 大将：1922年7月27日 -
21. 斎藤半六 中将：1923年6月1日 -
22. 伏見宮博恭王 大将：1924年2月5日 - ※任期中发生第43号潜水艦沉没事故。鵜渡越の慰霊碑の題字を揮毫して追悼した。
23. 百武三郎 中将：1925年4月15日 -
24. 古川鈊三郎 中将：1926年12月10日 -
25. 飯田延太郎 中将：1928年10月12日 -
26. 鳥巣玉樹 中将：1929年11月11日 -
27. 山梨勝之進 中将：1930年12月1日 - ※統帥権干犯問題にともなう懲罰左遷人事の第一号として海軍省を追放された。
28. 中村良三 中将：1931年12月1日 - ※連合艦隊演习期间曾担任假想敌，并将連合艦隊完全击溃。
29. 左近司政三 中将：1932年12月1日 -
30. 米内光政 中将：1933年11月15日 - ※戦時統合のために発足した佐世保の銀行に「親和銀行」の名を授けた。
31. 今村信次郎 中将：1934年11月15日 -
32. 百武源吾 中将：1935年12月2日 - ※佐贺县出身の縁で、佐賀県人の参拝者が多い早岐神社二の鳥居の扁額を揮毫した。
33. 松下元 中将：1936年3月16日 -
34. 塩沢幸一 中将：1936年12月1日 -
35. 豊田貞次郎 中将：1937年12月1日 - ※任期中に山本五十六海軍次官から後任候補に挙げられたが、傲慢な返答をして撤回された。
36. 中村亀三郎 中将：1938年11月15日 -
37. 平田昇 中将：1939年11月15日 -
38. 住山徳太郎 中将：1940年10月15日 -
39. 谷本馬太郎 中将：1941年11月20日 - ※历代鎮守府長官中唯一一人，在任期中途病故。世知原小学校に伝わる優勝旗の揮毫者である。
40. 南雲忠一 中将：1942年11月11日 -
41. 小松輝久 中将：1943年6月21日 -
42. 杉山六蔵 中将：1944年11月4日 -
43. 石井敬之 少将：1945年11月15日 - 11月30日

• 第3特攻战队（大村）：涩谷清见少将
  • 川棚突击队
  • 第31突击队（校世保）
  • 第34突击队（唐津）
• 第5特攻战队（鹿儿岛）：驹沢克己少将
  • 第32突击队（鹿儿岛）：和智恒蔵大校
  • 第33突击队（油津）
  • 第35突击队（细岛）
• 垂水海军航空队：贵岛盛次大校
• 小富士海军航空队：堀九郎大校
• 第951海军航空队：森田千里大校
• 校世保海军施设部：贞方静夫大校
  • 校世保设营队：贞方静夫大校
  • 第3211设营队（鹿屋）：笠松时雄技术少校
  • 第3212设营队（香椎）：伊藤直行技术大尉
  • 第3213设营队（上海）：大冢邦一技术大尉
  • 第3214设营队（岩川）：中森荣技术大尉
  • 第3215设营队（前原）：织田文雄技术大尉
  • 第3216设营队（五岛）：小泉为义技术大尉
  • 第3217设营队（校世保）：山田忠雄技术大校
  • 第5210设营队（川棚）：大屋忠技术少校
  • 第5211设营队（小城）：小田村泰彦技术大尉
  • 第5212设营队（油津）：武藤又三郎技术大尉
  • 第5213设营队（岛原）：木村重宪技术大尉
  • 第5214设营队（南风崎）：安东太郎技术大尉
  • 第5215设营队（谏早）：白石义雄技术少校
  • 第5217设营队：市田洋技术大尉

• 旧海軍佐世保鎮守府凱旋記念館
• 佐世保基地
• 海上自衛隊佐世保地方隊
• 佐世保港
• 東公園 (佐世保市) - 旧海軍墓地。
• 田中穂積 - 鎮守府軍楽隊長で「美しき天然」の作曲者。
• 横須賀鎮守府
• 吴鎮守府
• 舞鶴鎮守府