不过德国人还是在比利时成立了犹太委员会,强迫犹太人加入。1942年,德国人开始将这里的犹太人运往波兰的集中营。1942年8月至1944年7月间,共25,000名犹太人从比利时运走,其中超过24,000人遇害。
同时,自1942年开始比利时居民也开始对纳粹的做法表示不满。在比利时快解放时,至少40%的比利时犹太人都藏了起来。他们得到了非犹太人,特别是基督教僧侣们的帮助。此外,比利时人还组建了犹太防卫委员会(Comité de Défense des Juifs)来保护犹太人。1943年4月,他们袭击了一辆前往奥斯维辛的列车,救下了118人。