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支序分類學（英文：cladistic taxonomy）又稱支序系統學^[1]、分支系統學^[2]、系統發育系統學^[3]（英文：phylogenetic systematics，也譯作系统发育分类学^[4]或系譜分類學^[5]），簡稱支序學（英文：cladistic）^[6]，是一門基於系统发生的生物分類學科，主張通过對共有衍生性狀（共有衍徵）相似性的分析，推導出生物類群之間的分化關係，进而構建系統發生樹，以形成嚴格的單系分類系統^[2]^[7]。「支序」意為演化支的序列，或演化支的分化次序。

支序分類學的創始人為德国生物學家维利·亨尼希（德文：Willi Hennig；1913－1976），1950年他撰寫了有關支序分類理論的德文著作，後在此基礎上重新改寫並譯為英文，於1966年出版了名為《系統發育系統學》的英文專著，自此支序分類學開始在生物分類學界興起^[4]。此套學說理論的核心要義在於：一、生物分類必須反映親緣關係，而親緣關係必須反映共祖關係；二、分析生物之間的親緣關係時，可將牠們的同源特徵分為較原始的祖徵（近祖性狀）和較進步的衍徵（近裔性狀），只有具備共同的衍徵才能視為親緣關係接近、來自同一祖先的證據^[4]^[8]。

支序分類學是現下最常用的生物分類方法^[9]，亦被普遍認為是進行系統發生分析的最佳方法，因為它提供了一套可以检验的假说，目前已被學者們普遍接受並廣泛應用於分類學和系統發生學研究^[8]。支序分類法會收集遗传学、古生物学和形態學等方面的訊息，最終拟製出系統發生樹來表現各生物類群之間假定的演化關係。在系統發生樹上，每個分支不論包含多少物种，都被稱作演化支。按照支序分類學的標準，任何自然合理的生物類群都必須是一個單系的演化支，即包含單一的祖先物種及其所有後代。

與傳統上基於分类阶元的林奈分类法相比，支序分類法基於演化支來歸類物種，更能真實客觀地顯示物種之間的親疏關係，體現出演化論的共同祖先原則。為此有學者主張棄用林奈分類法，以演化支取代分類階元的概念，但由於分類階元在數個世紀以來的廣泛使用，其概念已深入人心，故現行生物分類法為二法並用——在以支序分類理論為主導的同時，保留傳統的分類階元，甚至根據支序分類的需要而增設新的階元。然而，林奈分類法的局限性使其無法與支序分類很好地兼容，從而造成了許多難以解決的分類問題。

主要術語

一個特殊性狀若為某生物類群及其後代所獨有，稱之為衍徵，而若同時表現在其旁親和祖先身上時，稱之為祖徵。之所以用祖徵和衍徵來取代原始和先進的說法，是因為在不同的環境下，每種特徵都有可能是先進的。

某生物類群若擁有比其他類群更多的祖徵，則被稱作基群。一般而言，基群比其他衍生分支的物种數量要少得多，並在很早之前便已滅絕，例如鸟类和哺乳动物雖然存在許多共同祖徵，但牠們的共同祖先卻早已滅絕。

分類方法

支序分析需要收集足夠的信息，用以区分生物的一般性狀和特殊性状，並區分特殊性状中哪些是共同祖先自更早的祖先遺傳而來（祖徵），哪些是共同祖先单独所具有（衍徵）。要确定一个分支的獨立性，將它與其他分支區別開來，就必须有充足的衍徵作為數據支撐，證明該分支的特殊性狀為獨立發展形成，而非直承自更早的祖先。衍徵確定以後，要依照简约化原則确定生物類群之间的關係，也要依據分子演化理论选取最接近的分支相組合，最終構成系統發生樹。

现有各种复杂的系统发生软件可用於支序分析的演算，因此目前的支序分析一般不會出现研究者自身造成的偏差。儘管如此，目前的支序分析也只能得出多數學者赞同的结论，無法令所有學者信服，因為有时分析結果会出现许多冲突，如形態數據和基因數據完全不吻合等。現今 DNA 测序已較為容易進行，系統發生分析可以得到 DNA 數據的支持，此外更为精確的方法是分析染色体中的反转录转座子标记，而最理想的方法則是将形態學、分子生物学以及生态行为等各方面的信息结合起来。没有任何一种分析方法是真正完美的，所有方法都存在偏差，諸如形态学分析经常誤將趋同演化的生物歸於一類，而分子数据虽然比形態數據和化石數據更可靠，但也充满矛盾和误差。只有各种方法的比较與结合，方能得到最準確的结論。

支序分類理论亦可延伸至生物学以外的领域，當前已應用於歷史語言學中的语言分类研究，以及古代文献考订中對文献派生情况的研究等。