1243年7月,撒丁尼亞國王恩佐(英语:Enzo of Sardinia)命令托馬索二世和他的兄長阿梅迪奧四世加入圍攻韋爾切利的行動,韋爾切利最近從帝國轉幫教皇。不僅對城市的攻擊沒有成功,兄弟們還因此被絕罰[5]。當兄弟們寫信給新任教皇英諾森四世上訴時,教皇同意他們的請求,並進一步表示,托馬索二世免於在未經教皇授權的情況下被絕罰[6]。
讓娜於1244年去世,托馬索二世和她並沒有後代。
晚年
1255年,托馬索二世保護他在皮埃蒙特地區的領地不受阿斯蒂的影響。在蒙卡列里的一場戰鬥中,他被俘並關押在都靈。這兩個城市試圖迫使托馬索二世承認他們獨立於薩沃伊伯國的控制。作為回應,教皇亞歷山大四世對都靈和阿斯蒂下了禁令,英格蘭國王亨利三世監禁他王國內所有倫巴第人。法國國王路易九世在他的妻子(和托馬索二世的甥女)瑪格麗特的敦促下逮捕150名阿斯蒂商人。他的妹妹普羅旺斯伯爵夫人貝亞特麗絲(英语:Beatrice of Savoy)在普羅旺斯伯國內也做同樣的事情。1256年,托馬索二世的兄弟皮特羅和菲利波率領一支軍隊從薩沃伊南下,並在年底前通過談判達成和解方案。和解方案是城市被承認為獨立的,儘管他們沒有實現他們最初尋求的領土獨立或經濟利益[7]。
儘管托馬索二世晚年時是阿梅迪奧四世仍然在世的弟弟中年紀最大,在侄兒波尼法喬統治的早期托馬索二世確實在國外戰鬥時擔任攝政及共治,但他從未獨立成為薩伏伊伯爵,因為他先於他的侄子波尼法喬去世,波尼法喬本人死後沒有子嗣。雖然托馬索二世留下三名兒子,但在波尼法喬逝世後,剩下的叔叔,即托馬索二世的弟弟皮特羅二世及菲利波一世先後統治薩沃伊伯國。托馬索二世的長子和繼承人托馬索三世(英语:Thomas III of Piedmont)認為這是不公平的,但是他並沒有成功地繼承薩沃伊伯國。然而,碰巧的是,托馬索二世的最後一個倖存弟弟菲利波一世讓托馬索二世次子阿梅迪奧五世成為他的繼承人,排除了長兄托馬索三世和他在家譜上更嫡系的後代脫離薩沃伊伯國繼承之列。