Ở vòng loại giải vô địch nữ U-16 châu Á 2011, đội cán đích nhất bảng A vòng 1 khi toàn thắng không thủng lưới nhưng chỉ đứng thứ 4 vòng 2 và không thể dự vòng chung kết. U-16 nữ Việt Nam không dự hoặc không vượt qua vòng loại châu Á 3 kỳ sau đó cho đến khi đánh dấu mốc lịch sử lần đầu có vé dự U-16 nữ châu Á sau trận hòa U-16 nữ Iran ở vòng loại 2 kỳ 2019.
Đội ra mắt ở vòng chung kết tháng 9 năm 2019 bằng trận thua Bắc Triều Tiên 0–10, trắng tay rời giải khi chịu khuất phục trước hai đối thủ còn lại cũng đến từ Đông Á là Hàn Quốc và Trung Quốc mà không ghi được bàn thắng. Từ năm 2024 giải đấu sẽ tăng độ tuổi lên U17
AFF tổ chức giải U16 nữ Đông Nam Á đầu tiên năm 2009 cũng là năm đại diện U-16 nữ của Việt Nam được thành lập. Đội giành vị trí thứ ba giải năm đó sau khi thắng chủ nhà Myanmar trận tranh hạng ba ngày 18 tháng 10.
