Franz Karl là một người đàn ông không có tham vọng và nói chung là kém hấp dẫn, mặc dù ông cùng với chú của mình là Đại công tước Ludwig, một thành viên của hội đồng Geheime Staatskonferenz, sau khi Hoàng đế Franz II qua đời đã Nhiếp chính Đế chế Áo thay cho người anh trai mắc bệnh tâm thần là Hoàng đế Ferdinand từ năm 1835 đến năm 1848. Tuy nhiên, các quyết định thực sự được đưa ra bởi Tể tướng của Đế quốc Áo Klemens Wenzel von Metternich và đối thủ của ông là Bá tước Franz Anton von Kolowrat-Liebsteinsky. Vợ ông, Sophie, đã chuyển tham vọng của mình, khi bà thúc giục Franz Karl từ bỏ tuyên bố lên ngôi vào thời điểm anh trai ông thoái vị vào ngày 2 tháng 12 năm 1848, để con trai cả của họ là Franz Joseph I lên ngôi.
Qua đời và chôn cất
Đại công tước Franz Karl qua đời tại Vienna vào năm 1878, sáu năm sau cái chết của vợ ông. Franz Karl được chôn cất tại Hầm mộ hoàng gia ở Nhà thờ Capuchin. Franz Karl là người Nhà Habsburg cuối cùng có các cơ quan của cơ thể được chôn cất tại Ducal Crypt của Nhà thờ St. Stephen, Vienna và trái tim được đặt tại Herzgruft của Nhà thờ Augustinian theo nghi thức gia tộc kéo dài hàng thế kỷ.
Kết hôn lần 1 với em họ đời đầu của ông là Margaretha, Vương nữ Sachsen, (1840–1858) từ năm 1856 đến năm 1858, không có con; Kết hôn lần 2 với Maria Annunziata, Vương nữ của Hai Sicilia (1843–1871) từ năm 1862 đến năm 1871, có con (ba con trai và một con gái) và kết hôn lần 3 với Maria Theresia, Vương nữ của Bồ Đào Nha, (1855–1944), từ năm 1873 đến năm 1899, có con (hai con gái)