Ferdinand sinh ra tại Cung điện Schönbrunn ở Viên với tư cách là con trai thứ tư và con thứ mười bốn của Hoàng đế La Mã Thần thánh Franz I và vợ của ông, Maria Theresa của Áo.
Năm 1763, Công tước Este cuối cùng của Modena, Ercole III (người không chết cho đến năm 1803), đã ký một hiệp ước với Hoàng hậu Maria Theresa để gả Ferdinand 9 tuổi cho con gái duy nhất của ông là Maria Beatrice, khiến cậu trở thành người thừa kế của mình. Đã có một hiệp ước trước đó vào năm 1753 quy định anh trai của Ferdinand là Peter Leopold trở thành người thừa kế của Công quốc Modena, nhưng vào năm 1761, Peter Leopold trở thành người thừa kế của Đại Công quốc Toscana, điều này yêu cầu phải thay đổi thỏa thuận Modena.
Năm 1771, Chế độ ăn uống của Hoàng gia vĩnh viễn chấp thuận việc cuối cùng cho Ferdinand được phong tước vương quyền do Ercole III nắm giữ.
Hôn nhân và gia đình
Vào ngày 15 tháng 10 năm 1771, Ferdinand kết hôn với Maria Beatrice Ricciarda d'Este (7 tháng 4 năm 1750-14 tháng 11 năm 1829), đứa con duy nhất còn sống của Công tước Ercole III của Công quốc Modena và Reggio (mặc dù cuộc hôn nhân không phải là yêu cầu của sự kế vị cuối cùng của Ferdinand). Các lễ hội được sắp xếp cho dịp này bao gồm các vở opera Ascanio ở Alba của Mozart và Il Ruggiero của Johann Adolph Hasse.
Ferdinand trở thành Thống đốc của Công quốc Milan sau cuộc hôn nhân của mình vào năm 1771, miễn là cha vợ của ông là Ercole III d'Este vẫn còn cai trị Công quốc Modena và Reggio. Ông và gia đình sống ở Milan.
Năm 1780, Ferdinand được phong làm Thống đốc của Lombardy bởi anh trai mình, Hoàng đế La Mã Thần thánh Joseph II. Năm 1796, cuộc xâm lược Milan của Napoléon buộc gia đình phải chạy trốn khỏi lực lượng Pháp. Công tước Ercole III cũng phải chạy trốn khỏi Modena, nơi đã lật đổ chế độ quân chủ và gia nhập Cộng hòa Cisalpine.
Theo Hiệp ước Campo Formio năm 1797, Công tước Ercole III được trao Công quốc Breisgau, một lãnh thổ của Habsburg ở tây nam nước Đức. Khi Ercole III qua đời vào năm 1803, Ferdinand kế vị là Công tước của Breisgau, cũng như Công tước của Modena và Reggio. Theo Hiệp ước Pressburg năm 1805, Ferdinand nhượng Công quốc Breisgau cho Đại công quốc Baden.
Ferdinand qua đời vào năm sau tại Vienna. Ông được chôn cất trong Imperial Crypt ở Vienna.
Ferdinand và vợ Maria Beatrice d'Este
Năm 1814, con trai cả của Ferdinand, Francis IV, được Quốc hội Vienna công nhận là Công tước Modena.
Weissensteiner, Friedrich. Die Söhne Maria Theresias. Wien: Kremayer & Scheriau, 1991.
Wurzbach, Constantin von. "Habsburg, Ferdinand Karl Anton von Este". In Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. 6. Theil. Kaiserlich-königliche Hof- und Staatsdruckerei, Wien 1860, S. 204 f.
