Đây là danh sách các câu lạc bộ bóng đá ở Croatia, được sắp xếp theo giải đấu và hạng đấu nằm trong hệ thống các giải bóng đá ở Croatia, tính đến mùa giải 2016–17. Có tổng cộng 72 câu lạc bộ thi đấu ở 3 hạng đấu cao nhất ở hệ thống giải bóng đá Croatia, được phân chia như sau:
Giải bóng đá hạng ba quốc gia Croatia (còn có tên là Treća HNL hay 3.HNL, với 3 hạng đấu theo khu vực - Tây (16 câu lạc bộ), Đông (16 câu lạc bộ) và Nam (18 câu lạc bộ) với tổng cộng 50 câu lạc bộ)
