Trong Cúp Intertoto 1989 không có các vòng đấu loại trực tiếp, và vì vậy không công bố đội vô địch.

Các đội bóng được chia thành 11 bảng, mỗi bảng 4 đội.

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Luzern	6	4	1	1	14	5	+9	9
2	Karlsruhe	6	4	1	1	14	9	+5	9
3	Liège	6	0	3	3	1	7	−6	3
4	Den Bosch	6	1	1	4	6	14	−8	3

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Boldklubben 1903	6	4	1	1	15	8	+7	9
2	Malmö	6	2	3	1	8	8	0	7
3	Nitra	6	1	3	2	7	8	−1	5
4	Hansa Rostock	6	0	3	3	7	13	−6	3

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Tirol Innsbruck	6	4	1	1	15	5	+10	9
2	Váci Izzó	6	2	3	1	3	2	+1	7
3	Etar Veliko Tarnovo	6	1	3	2	3	7	−4	5
4	Bellinzona	6	0	3	3	5	12	−7	3

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Grasshopper Club	6	3	1	2	14	12	+2	7
2	Rába ETO Győr	6	3	1	2	10	8	+2	7
3	Admira Wacker Wien	6	2	1	3	15	17	−2	5
4	Brøndby	6	2	1	3	11	13	−2	5

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Tatabánya	6	2	4	0	11	7	+4	8
2	Lokomotive Leipzig	6	2	3	1	10	8	+2	7
3	Göteborg	6	2	1	3	11	14	−3	5
4	Lyngby	6	1	2	3	8	11	−3	4

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Næstved	6	2	3	1	13	9	+4	7
2	Stuttgarter Kickers	6	1	5	0	5	4	+1	7
3	Stal Mielec	6	2	3	1	9	10	−1	7
4	Djurgården	6	1	1	4	4	8	−4	3

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Örebro	6	5	0	1	16	5	+11	10
2	Slavia Prague	6	3	0	3	11	10	+1	6
3	Wettingen	6	2	0	4	9	13	−4	4
4	Siófoki Bányász	6	2	0	4	7	15	−8	4

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Sparta Prague	6	4	2	0	13	4	+9	10
2	Wisła Kraków	6	2	2	2	11	12	−1	6
3	Hapoel Petah Tikva	6	2	1	3	9	11	−2	5
4	Beitar Jerusalem	6	1	1	4	7	13	−6	3

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Baník Ostrava	6	3	2	1	8	6	+2	8
2	Vejle	6	2	3	1	11	11	0	7
3	Grazer AK	6	1	3	2	8	7	+1	5
4	Hannover 96	6	1	2	3	11	14	−3	4

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Örgryte	6	5	0	1	10	3	+7	10
2	Rapid Bucureşti	6	3	0	3	13	12	+1	6
3	Wismut Aue	6	2	0	4	10	12	−2	4
4	Spartak Varna	6	2	0	4	10	16	−6	4

XH	Đội	Tr	T	H	T	BT	BB	HS	Đ
1	Kaiserslautern	6	3	2	1	11	8	+3	8
2	First Vienna	6	3	1	2	13	11	+2	7
3	RKC Waalwijk	6	2	2	2	11	11	0	6
4	Carl Zeiss Jena	6	1	1	4	6	11	−5	3

• Cúp C1 châu Âu 1989-90
• Cúp C2 châu Âu 1989-90
• Cúp UEFA 1989–90

• [1] by Pawel Mogielnicki